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Many engineers from around the world gather at the Interpol marine facility "Pacific Buoy" on Hachijo-jima, in the sea south of central Tokyo Prefecture coast, to witness the launch of a new system that connects all law enforcement camera systems around the world and enables facial recognition worldwide. Conan, along with his friends Kogoro, Ran, Agasa, Haibara, and the Detective Boys, also heads to the island with an invitation from Sonoko to see the whales. He receives a message from Subaru, who says that a Europol agent has been murdered in Germany by Gin. Perturbed, Conan sneaks onto the police ship led by Kuroda, which is bringing them to the island to protect the completion work, and tours the new facility, just in time for the Black Organization to kidnap a female engineer, seeking a piece of important data in her USB drive. A terrifying howl of screws is heard from the ocean as an unknown person approaches Haibara.
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Shibuya, Tóquio, está agitada com a temporada de Halloween. Um casamento está sendo realizado em Shibuya Hikarie, onde a detetive Miwako Sato, do Departamento de Polícia Metropolitana, está vestida com um vestido de noiva. Enquanto Conan e os outros convidados assistem, um agressor aparece de repente e o detetive Wataru Takagi, que estava tentando proteger Sato, fica ferido. Takagi sobreviveu e a situação foi resolvida, mas aos olhos de Sato, a imagem do ceifador que ela viu quando o detetive Matsuda, o homem por quem ela estava apaixonada, foi morto em uma série de atentados há três anos, coincidiu com Do Takagi.
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É anunciado o primeiro supercondutor linear a vácuo do mundo com velocidade máxima de 1.000 km/h, que irá ser inaugurado na cerimônia de abertura do torneio WSG (World Sports Games) de Tóquio, que acontece uma vez a cada quatro anos. Enquanto chamam a atenção do mundo, altos executivos de grandes empresas são sequestrados do local da festa onde os patrocinadores do torneio WSG se reúnem. Conan procura uma solução e eventualmente encontra uma relação com os casos de raptos em série da WSG que ocorreu à 15 anos atrás em Boston, EUA.
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Em uma noite escura, a polícia japonesa é invadida por um espião. Agências de inteligência de diferentes países - como o MI6 da Inglaterra, o BDN da Alemanha e a CIA dos Estados Unidos - bem como os arquivos secretos do FBI serão levados, mas os oficiais de segurança pública liderados por Tooru Amuro chegam bem a tempo. O espião rouba um carro e foge. O espião e Amuro são então presos em um beco sem saída na rodovia, e quando está prestes a causar um acidente com vários carros, o carro do espião é atingido pela bala do rifle do agente do FBI Shuichi Akai e cai da estrada. No dia seguinte, Conan e seus amigos vão a um aquário recém-reformado em Tóquio. Sob a atração principal, uma roda-gigante, Conan encontra uma mulher atraente sozinha e ferida. Seus olhos esquerdo e direito são de cores diferentes.
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Conan tenta encontrar Kaito Kid, que supostamente roubou uma réplica de uma pintura de Van Gogh durante um leilão.
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Um franco-atirador tem como objetivo ou Shuichi Akai e atira Masumi Sera. O pânico nasce nos cidadãos de Tóquio porque ninguém sabe nada sobe o atirador misterioso.. Por que foi Masumi o alvo? Vai Shuichi sobreviver? Vai ser Conan capaz de descobrir o culpado?
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O filme se passa em um navio Aegis de última geração, com a cooperação total do Ministério da Defesa e da Força de Autodefesa Marítima da vida real do Japão. O cadáver de um membro da Força de Autodefesa foi encontrado - sem o braço esquerdo - e um espião se infiltrou na nave Aegis. A heroína Ran é colocada em perigo e Conan é forçado a enfrentar o perigoso Spy "X".
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A agência de detetives de Kogoro recebe um telefonema misterioso. Alguém do outro lado avisa sobre uma bomba e deixa para trás um código, "O Menino de Azul e A Zebra Azul, a chuva de cima". Se Conan conseguir decifrar o enigma, ele poderá parar a bomba. Uma aventura começa para Conan e os Detetives Boys, em uma partida de futebol entre Hideo Akagi do Tokyo Spirits e Ryusuke Higo de Big Osaka.
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A cerimônia de abertura do novo edifício das Torres Gêmeas na cidade de Nishitamashi está prestes a acontecer. Com 75 andares, as torres parecem chegar aos céus quando vistas de baixo. Conan e os outros veem as torres a caminho de um acampamento e decidem parar. Eles logo se encontram com Ran, Sonoko e Kogorou, coincidentemente.
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Policias de Tóquio estão a ser assassinados por um agressor desconhecido. Quando Ran testemunha um atentado contra a vida de um dos seus amigos da polícia, ela perde a memória. Agora, Conan e o inspetor Megure devem encontrar o assassino enquanto Ran tenta recuperar a sua memória perdida.
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Suzuki Zaibatsu encontrou o 51º Ovo de Páscoa feito pela joalheria russa em fevereiro. Kaido Kido enviou à polícia uma carta de advertência de que ele roubaria o ovo que Suzuki mostraria 4 dias depois. Kaido Kido (quando) consegue roubar ovo na hora em que todos estão lá fora.