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La historia se centra en la niña de secundaria Nagisa Yukiai que vive en una ciudad costera. Ella ha creído la historia de su abuela de que los espíritus habitan en palabras y se les llama «kotodama» (espíritu de palabra). Un día, se pierde en una mini estación de FM que no se ha usado durante años. Como un impulso del momento, ella trata de hablar como un DJ usando la instalación. Pero su voz transmitida accidentalmente llega a alguien que nunca había esperado.
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Mientras W-0 está fuera, Leila y el resto de la tripulación en la base se encuentran rodeados por Britannian Knightmares. Pilotando el Vercingetorix, Shin Hyuuga lidera la carga enemiga, habiendo usurpado la posición de Gran Maestro en los Caballeros de San Miguel. Con sus miembros principales no disponibles, Leila debe proteger a sus camaradas, pero esto puede ser mucho más difícil de lo que ella cree: un espía que acecha entre ellos finalmente está listo para revelarse. Sin más remedio que rendirse, Leila organiza una reunión con Shin para garantizar la seguridad de su escuadrón. Pero a medida que las negociaciones comienzan a desmoronarse, Akito y un aliado inesperado regresan justo a tiempo para cambiar las cosas.
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Después de descubrir el rostro de su verdadero enemigo, alguien que está relacionado con Akito y es responsable del Geass que se le ha impuesto, W-0 intenta regresar a su base en Castle Weisswolf. Sin embargo, varados en Varsovia debido a una complicación relacionada con su identificación militar, se ven obligados a aceptar la ayuda de los gitanos locales, lo que permite al escuadrón tomarse un tiempo para profundizar sus vínculos. Mientras tanto, el asesor británico Julius Kingsley y su guardia Suzaku Kururugi comienzan a trabajar junto con los Caballeros de San Miguel para aplastar a la resistencia europea de una vez por todas, armados con el poder destructivo de un arma gigante conocida como Ark Fleet.
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Continúa la guerra entre Euro Britannia y la Unión Europea. Se dan nuevas órdenes a la Unidad W-0. Aterrizar en medio del territorio enemigo como diversión. Los pilotos de la Unidad W-0 consisten solo en el oficial al mando, Leila, los únicos japoneses sobrevivientes de su última batalla, Akito, y los tres que escaparon de los guetos Once y vivieron en el inframundo, Ryou, Yukiya y Ayano. Con todos manteniendo sus respectivas expectativas, la operación avanza. En el otro lado de Euro Britannia, Shin, quien hizo que su benefactor se suicidara con el misterioso poder de "Geass", es nombrado líder de los Caballeros de San Miguel. Mientras Shin avanza constantemente por el bien de su propia ambición, él y sus subordinados en el escuadrón Ashura reciben órdenes de desplegarse. El que vive para luchar y el que lucha para vivir.
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La historia paralela tiene lugar en 2017 a.t.b., entre el surgimiento de la organización "Black Knights" y el regreso del supuestamente "muerto" Zero. El escenario está en Europa, donde las naciones aliadas de la Unión Europea (UE) están siendo invadidas por las abrumadoras fuerzas del Sacro Imperio Británico. Al borde de la derrota, la UE El ejército forma una unidad especial conocida como "W-0", de la cual es miembro un joven piloto llamado Akito Hyuga. Leila Malkal, una ex aristócrata británica, acude en ayuda de la UE, al mando del cuerpo de caballeros "Wyvern" compuesto por adolescentes japoneses. Se sumergen imprudentemente en un campo de batalla, donde la tasa de supervivencia es extremadamente baja, solo alrededor del 5%. Luchan por su libertad y por un "hogar" al que puedan regresar.
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La historia va de dos reinos que están en guerra, Levamme y Amatsukami. Un día, en una fiesta, el príncipe de Levamme, pide la mano de Fana del Moral en matrimonio y le promete que en un año acabará la guerra y que se casará con ella. Pasado el año, la guerra continúa y la gente de Amatsukami intenta asesinar a Fana, pero no lo consiguen, es por ello que el príncipe, preocupado por lo que sucedió, propone enviarla al Reino Levamme para tenerla protegida.
