Kanayo Nakanishi

海辺の町・日ノ坂町で暮らす16歳の少女なぎさは、将来の夢を見つけることができず焦りを感じている。彼女は幼い頃に祖母から聞いた「言葉には魂が宿っている」という言霊の話を信じていた。ある日、何年も使用されていないミニFMステーションに迷い込んだなぎさは、出来心からDJの真似事をする。偶然にも放送された彼女の言葉は、思いがけない人物に届いていた。

ユーロピア共和国連合の特殊部隊“wZERO”のパイロットである日向アキトらは、「方舟の船団」によるテロが敵であるユーロ・ブリタニアの計略だと気付く。アキトたちはユーロ・ブリタニアの本拠・大型飛行艇ガリア・グランデを攻撃、激しい戦闘を繰り広げる。そんな中、司令官レイラ・マルカルがいるwZERO部隊の拠点・ヴァイスボルフ城をユーロ・ブリタニアが襲撃。さらに首都パリでは、ジィーン・スマイラス将軍によるクーデターが決起され……。

任務を遂行して帰還するアギトたちワイバァン隊だったが、ある者の策略でID登録を抹消されたために駐屯地に入ることができなくなってしまう。当てもなくさまよう彼らは、旅の生活を続けている老婆の集団と過ごすことになる。つかの間の休息を取りながら、アキトやレイラらは、お互いの過去や素性について知っていくように。一方、ユーロ・ブリタニアに謎多き軍師ジュリアス・キングスレイが着任。シン・ヒュウガ・シャイングは、対ユーロピア戦線を指揮する彼の姿を静観しつつ、自身の野望を達成すべく動き始めようとしていた。

激化の一途をたどる、ユーロ・ブリタニアとユーロピア共和国連合の戦争。劣勢を強いられているユーロピア共和国連合軍は、ユーロ・ブリタニアの日本占領で国を失った少年少女を集めた特殊部隊wZEROに、陽動を目的とした敵中降下命令を下す。しかし、部隊のメンバーは隊長のレイラや日向アキトを筆頭に、5人しか残されていなかった。そのころ、ユーロ・ブリタニアではギアスという謎めいた力を用いて恩人を自死に向かわせたシンが、聖ミカエル騎士団の総帥となる。さらに、彼と配下のアシュラ隊に出動せよという指令が……。

皇暦2017年。日本ではルルーシュが大国ブリタニア帝国への反抗を繰り広げているころ、ヨーロッパ連合国E.U.もまたブリタニアの侵攻に圧倒されていた。そこでE.U.軍は特殊部隊「W-0」を編成。中でも元ブリタニアの貴族の少女レイラ・マルカルを司令官にパイロットの日向アキトら日本人の少年少女たちから成るナイトメア部隊は、生還の可能性の低い戦いに送り込まれる。

二国間戦争のさなか、名もなき飛空士・狩野シャルルは類まれな操縦技術をみこまれ、次期皇妃ファナ・デル・モラルをその婚約者カルロ皇子のもとに 水上偵察機で送り届ける極秘任務を命じられた。護衛を付けず一機で敵中を突破する危険な任務だ。それでもファナを守り抜き、12,000kmを飛ぶべき 理由がシャルルにはあった。 次々と襲ってくる敵空中艦隊と戦闘機を超絶なテクニックでしりぞけるシャルル。命をかけた空の旅のなかで、ファナの閉ざされた心は開かれ、しだいに 二人はひかれあっていく。やがて来る絶体絶命の危機の中、ファナのとった行動とは…。そして二人の恋の行方は…？