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La película es secuela de Ia serie de televisión, después de que Kuroko y Kagami pasan a ser estudiantes de segundo año. Un equipo americano de baloncesto callejero (“street basket”) llamado Jabberwock, viaja a Japón para jugar un -partido amistoso con un equipo japonés, pero tras una apabullante derrota del equipo local, los miembros del Jabberwock se mofan del baloncesto japonés. Esto causa el enfado del padre de Riko, que decidirá reunir al equipo titular de la Generación de los Milagros más Kuroko y Kagami. EI equipo se llamará Vorpal Swords, y tendrá que encargarse de realizar un partido de revancha contra Jabberwock
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Osamu Fujimoto es asesor e hijo del primer ministro al que han asesinado. El suceso, bautizado como el mayor acontecimiento desde la guerra, hace que Osamu colabore con la Mayor Kusanagi y la Sección 9, para descubrir la verdad detrás del asesinato.
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La historia comienza en medio de manifestaciones para protestar por la fijación de precios en el comercio de agua. Un evento para celebrar la asociación detenida de la empresa de agua del gobierno de la República de Kuzan con Harimadara Heavy Industries. Aramaki, jefe de Sección 9, cierra tiendas y apaga el tráfico en New Port City. La Sección 9 continúa monitoreando la situación y prepararse para las amenazas terroristas. La policía comienza a disparar a los manifestantes, y la Sección 9 trata de llegar a la fuente que inició el caos. Motoko se mueve más en los tiroteos que comienzan en el evento del representante de la industria del agua de Kuzan, Dr. Zhinzhee Bekka Arr Thied, está dando un discurso. Una voz femenina dice:Fire Starter can't be stopped.
