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História original criada pelo mangaká de Kuroko no Basket: Tadatoshi Fujimaki. Kuroko e seus colegas vão para o segundo ano e o verão está acabando. O popular time de basquete de rua, Jabberwock, chega no japão. Mas, no que é para ser um amistoso, eles humilham com o time japonês e zoam o basquete japonês.
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Ambientado após os eventos de Arise, o filme envolve o assassinato do Primeiro-Ministro do Japão que é publicamente descrito como o "maior evento desde a guerra". Cabe a Secção de Segurança Pública 9, liderada pelo Major Motoko Kusanagi, descobrir a verdadeira natureza do assassinato. Eles são auxiliados pelo filho do Primeiro-Ministro, Osamu Fujimoto.
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Durante o inverno de 2028, um dos maiores terroristas do mundo, conhecido pelo nome de Fire Starter, lançou uma forte infecção no ciber-cérebro, gerando um grande ambiente de tensão em New Port City. Para rastreá-lo e interromper as ofensivas, a Major Motoko Kusanagi une seu time de fantasma e ordena força máxima.
