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Terribles criaturas acechan en la oscuridad, cazando a todos aquellos que vagan durante la hora que transcurre oculta entre un dia y el siguiente: la Hora Oscura. Un club escolar secreto conocido como SEES defiende la humanidad de horrores y desastres mientras resuelven el misterio de la Hora Oscura de una vez por todas.
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Un devastador, asqueroso "Hedor Muerte" se está extendiendo a través de Japón, creando peces mutantes mortal, ya que cubre la tierra! El país está siendo invadido por los peces feroces con patas de metal afilados, infierno doblado sobre la muerte y la destrucción! En medio de la carnicería, se embarca Kaori en una búsqueda desesperada para encontrar a su novio desaparecido antes de que se pierde en el caos que está barriendo la tierra. Frente a cuatro patas tiburones asesinos, calamares máquina impulsada y los peligros innumerables de Tokio, ahora una zona de guerra urbana, Kaori debe encontrar la verdad detrás de estos monstruos mecánicos y enfrentarse a un mal mayor de lo que nunca podría haber imaginado. Basado en el popular manga del maestro de lo macabro Ito, Junji (Tomie, Uzumaki), Gyo: Ataque Tokio pescado es una extraña emoción-ride que hay que verlo para creerlo!
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Ambientada después de "Recuerdos borrados (Cuento de Hadas)", una nueva serie de feroces asesinatos ha llamado la atención tanto de Shiki como de Daisuke, el primo de Mikiya que investigó los asesinatos antes. Shiki deambula por los callejones del distrito comercial, buscando al asesino y evitando los ataques de los matones locales, mientras Mikiya se preocupa cada vez más por ella, comenzando su propia investigación que lo lleva por un camino poblado por traficantes de drogas y prostitutas. El perpetrador, Lio Shirazumi, encuentra a Shiki primero pero pierde un brazo en la pelea resultante; Al retirarse, descubre a Mikiya en su apartamento, que se ha convertido en un santuario de locos para Shiki. Mikiya intenta convencer a Lio de que puede salvarse, pero él se niega y se va. Shiki es capturada y torturada por Lio cuando ella se niega a matarlo, Mikiya llega al lugar pero no logra detener a Lio y termina herida. Shiki mata a Lio cuando le dice que él mató a Mikiya.
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La película comienza con una introducción de Kokuto Azaka sobre quién es ella y cómo planea ganarse a Mikiya como su amante a pesar de la presencia de una mujer peligrosa llamada Ryogi Shiki. Posteriormente, Shiki es enviada a la escuela de Azaka, la Academia Reien, durante las vacaciones de invierno para ayudar a investigar una serie de informes de hadas que roban los recuerdos del estudiante y un intento de suicidio sospechoso de Kaori. Los dos chocan de inmediato ya que Azaka está enamorada de su hermano (Mikiya) y considera a Shiki un rival amoroso. Mientras camina por la escuela, Shiki se da cuenta de un hada y la persigue. Azaka, que no puede ver a las hadas, se queda sola y es atacada por una persona desconocida y le roban la memoria, y se despierta por la noche sin recordar lo ocurrido. Descubren que el mago que usa las hadas está tratando de borrar los recuerdos de todos sobre el intento de suicidio de Kaori, pero la escuela tiene un registro escrito de la investigación.
