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A história de Persona 3 realiza-se em uma cidade japonesa moderna, construída e financiada pela Kirijo Corporation. Devido aos acontecimentos ocorridos no passado, há uma "Dark Hour": um período de tempo que existe entre a meia-noite e o próximo dia que só poucas pessoas podem ver; aqueles que não estão conscientes se encontram congelados em caixões. A Dark Hour traz a curva da realidade; a Gekkoukan High School, onde a maioria dos personagens frequentam a escola durante o dia, à noite se torna um enorme torre com labirintos chamada "Tartarus", que possui bestas chamadas Shadows que estão à vagar e proteger certas áreas, às que se encontram fora do Tartarus, predam sobre as mentes das pessoas ainda consciente durante esse tempo, deixando as vítimas em estado quase catatônico fora da Dark Hour.
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Tadashi e sua namorada Kaori vivem na paz e tranquilidade em uma pequena cidade japonesa localizada na província de Okinawa. De repente, um cheiro nauseante de morte invade toda cidade e, não demora muito até Kaori e Tadashi descobrirem que este odor vem dos arrozais da ilha, onde os peixes começaram a emergir do mar. Eles foram infectados por uma arma biológica desenvolvida pelo governo japonês, que faz com que ganhem pernas que parecem ser de metal. O ataque das criaturas mutantes começa a infectar os seres humanos e Kaori é infectada. Tadashi deve encontrar uma cura antes que a doença se espalhe para outras cidades e acabe com a vida de sua namorada.
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February 1999. Both ceremonies disappeared before Mikiya Kuroiri. And a continuous hunting murder case that recurs to match it. Three years ago, he called himself a murderer. Mikiya vowed to continue believing. Mikiya begins investigating the murder case to prove the innocence of the ceremony. Meanwhile, Mikiya reunited with a senior high school senior, Sakuji Shirazumi, triggered by a drug case.
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Esse filme se passa na Escola Reien, na qual Azaka estuda para resolver o mistério sobre as fadas. Shiki é mandada por ordens de Touko para ajudar, apesar da ajuda não ser aceita por Azaka.
