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El 'Edge of Ocean' será la nueva sede de la cumbre de Tokyo, custodiada por más de 22.000 policías, ¡ocurre una gran explosión! Allí se encuentra Tooru Amuro, miembro de la organización secreta conocida como 'Zero' que controla la policía de seguridad pública de todo el país. Conan sospecha de una explosión ocurrida días antes de la cumbre y del misterioso comportamiento de Amuro, que se mueve en secreto. En ese momento se encuentran unas huellas digitales en la escena del crimen y coinciden con las huellas de Kogoro Mouri, ¡quien perteneció a la policía en el pasado! ¿Acaso se trata de una conspiración? Conan y Amuro inician la investigación alrededor del arresto de Kogoro.
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La destrucción del mundo avanza. Lo único que puede detenerlo es el sacrificio de Miyu que es digno del Grial. Cuando Ainsworth le pregunta a Illya, la que lleva el título de salvadora del mundo, qué salvará entre el mundo y Miyu, ella elige la respuesta simple y egoísta de 'ambos'. En un respiro de la lucha, todos descansan en la casa de la que se encargaron Miyu y Shirō. Cuando se reúnen en un círculo, Shirō les cuenta sobre él y Miyu. Ella era la Hija de Dios que concedía todos y cada uno de los deseos. Shirō acogió a la chica que no tenía a nadie más en la casa que había compartido con Kiritsugu. Han pasado cinco años desde entonces, y ahora han vivido en paz como hermanos. Pero esa pacífica vida cotidiana ahora se ha hecho añicos. La llevarán de regreso, pero antes de eso, Julian hace su aparición, aún buscando en Miyu el milagro que necesita.
