국제 정상회담 개최지 ‘엣지 오브 오션’에서 발생한 대규모 폭발 사건! 사건 현장에서 발견된 지문으로 유력한 용의자가 된 모리 코고로는 긴급 체포된다! 하지만, 이후에도 도심 곳곳에서는 원인을 알 수 없는 폭발 사건이 이어지고, 극도로 은밀히 움직이는 아무로 토오루의 기묘한 행동에 코난은 의문을 품기 시작하는데…
세계가 멸망하는 것을 막을 수 있는 건 '성배'인 사카츠키 미유가 희생하는 것뿐이었다. 미유가 아닌 세계를 살려야 한다고 말하는 줄리안 에인즈워스에게 이리야스필 폰 아인츠베른은 둘 다 구하겠다고 대답한다. 그리고 이리야 일행은 시로와 미유가 자랐던 집에서 생활하게 된다. 시로가 미유와 함께 살았던 이유는 어떤 소원이라도 이루어줄 수 있는 '신의 아이'였던 미유를 키리츠구가 집으로 데리고 왔기 때문이었다. 하지만 여동생 미유를 되찾기 위해 줄리안이 나타나는데.
