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The new enemies, Nahane and Ohanefu, along with the mysterious new Giant Monstrous Beings appear from space to take over the Earth! Holding the key to these events is Shinkalion ALFA-X, which was secretly developed by the Ultra Evolution Institute...!? For Hayato and Team Shinkalion, who had been living in peace, the battle begins again.
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La destrucción del mundo avanza. Lo único que puede detenerlo es el sacrificio de Miyu que es digno del Grial. Cuando Ainsworth le pregunta a Illya, la que lleva el título de salvadora del mundo, qué salvará entre el mundo y Miyu, ella elige la respuesta simple y egoísta de 'ambos'. En un respiro de la lucha, todos descansan en la casa de la que se encargaron Miyu y Shirō. Cuando se reúnen en un círculo, Shirō les cuenta sobre él y Miyu. Ella era la Hija de Dios que concedía todos y cada uno de los deseos. Shirō acogió a la chica que no tenía a nadie más en la casa que había compartido con Kiritsugu. Han pasado cinco años desde entonces, y ahora han vivido en paz como hermanos. Pero esa pacífica vida cotidiana ahora se ha hecho añicos. La llevarán de regreso, pero antes de eso, Julian hace su aparición, aún buscando en Miyu el milagro que necesita.