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Moeka, de 17 anos, que perdeu seus pais, e Yurie, tentando escapar de seu marido violento, desceram em uma estação de Kitsunezaki um dia. O grande terremoto e tsunami mudaram seus destinos. Suas vidas foram salvas, mas ficaram perplexos quando perguntados sobre suas identidades em um local de evacuação. Foi uma velha chamada Kiwa Yamana que lhes deu uma mãozinha. A partir daquele dia, Yurie passou a ser conhecida como Yui, Moeka como Hiyori e, junto com Kiwa, as três mulheres começaram uma maravilhosa vida comunitária juntas na antiga casa "Mayoiga" com vista para o mar.
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The new enemies, Nahane and Ohanefu, along with the mysterious new Giant Monstrous Beings appear from space to take over the Earth! Holding the key to these events is Shinkalion ALFA-X, which was secretly developed by the Ultra Evolution Institute...!? For Hayato and Team Shinkalion, who had been living in peace, the battle begins again.
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Kiritsugu e o jovem Shirou buscam uma forma de salvar o mundo, mesmo que isso signifique sacrificar alguns poucos pelo bem maior. Durante uma enorme catástrofe que engoliu Fuyuki, os dois encontram o último verdadeiro milagre da humanidade: a Criança de Deus. Dizem que as Crianças de Deus tem o poder de realizar qualquer desejo, mas seus poderes desaparecem com o passar dos anos. Numa guerra contra o tempo, Kiritsugu tenta encontrar a forma de utilizar a Criança, mas acaba tendo que deixar essa tarefa com o seu filho Shirou. Anos depois, os dias de felicidade na vazia Fuyuki chegam ao fim quando um ritual de matança recomeça após a Criança de Deus ser capturada: A Guerra do Cálice Sagrado. Tendo perdido tudo, Shirou está pronto para sacrificar seus ideais e todo mundo para recuperar a ferramenta de desejos onipotente… não, para resgatar a sua amada irmã.
