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Limón Vinagreta es una niña que ofrece a Shin chan unirse a un equipo de ultra espías que colabora con Ultra Héroe, el ídolo del niño. La misión de Limón, que actúa en todo momento siguiendo las órdenes directas de sus padres Lima y Ciruelo, al servicio de la república de Pedostán, consiste en apoderarse de una misteriosa cápsula del laboratorio del doctor Flatulencio, en el vecino reino de Flátulo. Para cumplirla, necesita la ayuda de Shin chan, y como el niño aún no está preparado, debe entrenarle antes en las artes del espionaje. Cuando Kazama, Nené, Masao y Bo-chan presencian el entrenamiento, Limón disimula contándoles que prepara a Shin chan para actuar en una película de acción. Desde ese momento, los niños les vigilan de cerca con la esperanza de que un cazatalentos les descubra a ellos también.
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El mundo del futuro está dominado por el ambicioso Dinerales, dueño de la corporación eléctrica Dinerales., que se ha apoderado de toda la luz del planeta. Un Shinnosuke adulto intenta detenerle con la ayuda de su novia Tamiko, a quien envía al pasado para que le traiga lo que necesita para derrotar a su enemigo: a sí mismo cuando tenía cinco años. En el presente, Shin chan y sus amigos juegan en el parque a qué serán de mayores, cuando Tamiko aparece de pronto y declara ser la novia del Shin chan del futuro. Tamiko se lleva a Shin chan a su tiempo sin darse cuenta de que arrastra al resto de niños con ellos, con lo que Kazama, Nené, Masao y Bo-chan aparecen en un punto distinto de la ciudad futura, confundidos por cómo ha cambiado todo.
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Tercera película basada en el manga Naruto y tercera desarrollada en el arco Shippûden. Cronológicamnte se encuentra situada entre los episodios 72 y 73. La película trata del potencial inicio de una Cuarta Gran Guerra Mundial Shinobi cuando ninjas poseedores de Kekkei Genkai comienzan a desaparecer de Kumogakure, Iwagakure, Kirigakure, y Sunagakure. Como es la única aldea que no es afectada por estos sucesos, Konohagakure es señalada como la causante de este incidente, y comienzan a circular rumores de una posible rebelión. Con las otras naciones traspasando las fronteras del país del Fuego, amenazando con una invasión, el Señor Feudal le ordena a Tsunade capturar al verdadero responsable y probar la inocencia de Konoha; en el caso de fallar, el País del Fuego será forzado a destruir la villa para preservar la paz mundial.
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Cuando un misterioso grupo de Shinobi realiza un ataque sorpresa sobre Konoha, la villa queda en ruinas después del ataque. Hasta entonces surge la posibilidad de que otra guerra shinobi pudiera desatarse. Mientras tanto, Sasuke -que abandonó a Kanoha para vengar a su clan por la muerte de su hermano Itachi- reaparece con sus amigos por segunda vez. Quinta película basada en el manga/anime Naruto, y segunda dentro de la línea argumental Shippûden.
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Es el año 2034, han pasado dos años desde que Motoko Kusanagi dejó la Sección 9. Ahora, Togusa, como nuevo líder del equipo, ha considerado necesario el incremento de personal. Esta ampliada nueva Sección 9 se enfrentará a una serie de complicados incidentes, detrás de los cuales se encuentra un ultra-hacker conocido con el nombre de El Marionetista. Durante la investigación que lleva a cabo Batou, este se cruzará de nuevo con Motoko, que dejará un mensaje: "Manteneos alejados de la Solid State Society". Película especial que cierra el argumento de la serie “Stand Alone Complex”, estando considerada en algunos sitios como la tercera temporada no oficial.
