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ある日しんのすけの前に、アクション仮面からのメッセージを携えた少女レモンが現われた。なんとアクション仮面が直々にしんのすけをアクションスパイに任命するというのだ。すっかりその気になったしんのすけは、レモンとともにスパイとなるべく訓練を開始する。アクション仮面本人に会わせるというレモンの言葉を信じて特訓に励むしんのすけ。やがて彼らに、悪の博士に奪われたカプセルを取り戻すという指令が下る。
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しんのすけたち“カスカベ防衛隊”の前に未来から来たという女性タミコが現われる。なんと彼女はしんのすけの婚約者だと名乗り、未来でピンチに陥った彼を救うには5歳のしんのすけの力が必要なのだと協力を求める。半信半疑で未来のネオトキオへと旅立ったカスカベ防衛隊の5人は、思っていたものとは違う未来の自分たちや家族の姿に失望しながら、ネオトキオの支配者・金有に捕まったという大人のしんのすけを捜すのだった。
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雲、岩、霧、砂という4つの国の里を守る優秀な忍たちがある日突然姿を消す。4つの国で代々一族によって受け継がれてきた“血継限界”と呼ばれる強大な特殊能力を持つ4人の忍が消えたのだが、唯一火の国だけはその難を逃れていた。今にも第四次忍界大戦が起きそうな予感から、火の国の大名は綱手に何としてでも真相を探るよう厳命する。
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謎の忍者集団の奇襲を受けた木の葉隠れの里。立ち上がったナルトたち一行の前に現れたのは、木の葉チームメイトの一員だったサスケだった。一族を裏切った兄、イタチへの復讐(ふくしゅう)を誓ってから、木の葉隠れの里を後にしていたサスケ。かつての親友だった2人だが、闘いの火ぶたは切って落とされる。
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「個別の11人事件」後、草薙素子が公安9課を去って2年経った西暦2034年。草薙が失踪したことにより組織の変革を余儀なくされた9課は、課員を大幅に増やし「10の力で1つの事件を解決する組織」から「8の力で3つの事件を解決する組織」へと方針を転換。加えてトグサをリーダーに任命し、新体制の下で犯罪の抑止にあたっていた。 バトーはこれになじまず、新入隊員の訓練教官を務める傍らで「個人的推論に則った捜査」として単独行動を取っていた。そんな中、梵字の刺青を入れた男たちが相次いで不審な自殺を遂げる事件が発生。彼らはシアク共和国のカ・ルマ元将軍に忠誠を誓い、マイクロマシンによるテロを画策していた工作員であることが判明。それについてカ・ルマの嫡子であるカ・ゲル大佐が取り調べに応じたが、突如として国外逃亡を図り、人質を取って新浜国際空港に立てこもる。トグサ率いる9課はカ・ゲルを追い詰めるも、彼は突然「傀儡廻(くぐつまわし)が来る!」と叫び、トグサの目の前で拳銃自殺してしまう。この一部始終を、失踪したはずの草薙が離れた場所から監視していた。 立てこもり事件から数日後、単独で捜査を行っていたバトーは草薙と再会する。草薙はバトーに「Solid State には近づくな」と謎の警告をする。捜査が進むにつれ、バトーは草薙が「傀儡廻」ではないかと疑い出す。