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La historia de la película comienza cuando Arata toca inadvertidamente "Hermes Apocrypha", Grimoire de Lilith. De repente, está envuelto por una luz blanca brillante, y una niña aparece ante él. Ella se llama Lilim, y trata tanto Arata como Lilith como sus padres. Al mismo tiempo aparece, algo cambia en el mundo. La biblioteca eterna prohibida despierta. En la Biblioteca se sella la última culminación de Alquimia, el Señor Blanco Demonio. El Señor del demonio blanco trampa para eliminar a Arata ya los Siete de la Trinidad para usurpar la posición de Señor Demonio. Bristling con un poder incalculable, el Señor Blanco Demonio ataca a Arata, y desencadena una crisis desesperada en la que Arata y la Trinidad Siete debe salvar al mundo en esta última batalla.
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La acción transcurre en un plano temporal futurista, en el año 2144 aproximadamente, donde la Tierra ha sido devastada por unos seres llamados Festum desde el año 2114. Por ciertos eventos causados por estos seres los japoneses perdieron su fertilidad y fueron prácticamente borrados del mapa. Los supervivientes se encuentran ahora en una remota isla japonesa llamada Tatsumiya. La gente ha logrado sobrevivir escondiéndose de los Festums usando la más avanzada tecnología. Es el último paraíso en la Tierra. Lo más sorprendente de esta isla es que es todo un continente flotante. Al fin, los Festums descubren la isla y comienzan a atacar. Aún así, los humanos no estaban desprevenidos. Tras activar los escudos de energía que protegen la isla, mandan a un joven piloto, Kazuki Makabe (???? Makabe Kazuki), a luchar contra los Festums usando un robot gigante llamado Fafner.
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Un buen día, como siempre, Ryoko y Aeka están ocupadas peleando por Tenchi. Este decide dar un paseo por las montañas para tomar un respiro, pero nunca regresa. Seis meses más tarde sigue sin haber ningún rastro de él. Juntas, Ryoko y Aeka se mudan a la ciudad y usan su tiempo libre fuera del trabajo para buscar a Tenchi. Un encuentro fortuito les revela a un Tenchi mas viejo y maduro y sin ninguna memoria de Ryoko o Aeka. Para empeorar las cosas, parece haber encontrado un nuevo amor en una misteriosa mujer llamada Haruna.
