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A história do filme começa quando Arata toca inadvertidamente "Hermes Apocrypha", Grimoire de Lilith. De repente, ele é envolto por uma luz branca brilhante, e uma menina aparece diante dele. Ela se chama Lilim e trata Arata e Lilith como seus pais. Ao mesmo tempo ela aparece, algo muda no mundo. A Proibida Biblioteca Eterna desperta. Na Biblioteca é selado o culminar final da Alquimia, o Senhor Branco Demônio. O Lorde do Demônio Branco trama para eliminar Arata e a Trindade Sete para usurpar a posição de Demônio Senhor. Bristling com poder incalculável, o White Demon Lord ataca Arata, e desencadeia uma crise desesperada onde Arata e Trinity Seven devem salvar o mundo nesta última batalha.
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O ano é 2148. Dois anos se passaram desde que o mundo foi defendido pela misteriosa Festum, deixando o mundo em paz. Soushi prometeu a Kazuki que um dia ele iria voltar à Ilha Tatsumiya, mas em vez disso ele ainda se mantém escondido, vivendo sua vida na paz que ele criou. Mas um dia, um misterioso navio chega à Ilha Tatsumiya... Um navio sem ninguém, apenas uma menina dormindo no navio. A paz não vai durar tanto tempo como todo mundo acreditava...
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Parece um dia comum no dojo Masaki, até que Tenchi vagueia pela floresta e simplesmente desaparece. Seis meses mais tarde, Ryoko e Ayeka continuando em busca dele por todo Japão e descobrem que está em outro mundo com uma mulher estranha - mas não têm nenhuma idéia de quem é ou como alcançá-lo. Enquanto no outro mundo, Tenchi vive com uma mulher, a mesma que o levou e que se mantém viva em sua mente. Agora, os dois mundos precisam ser conectados para que elas possam resgatar Tenchi.
