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Tras una serie de asesinatos en Tokio y Kanagawa, policías de todo Japón se reúnen para asistir al encuentro relacionado con el caso. Conan ve como un hombre entra en el coche de Gin y sospecha que el caso está relacionado con los hombres de negro. Uno de ellos se hace pasar por un miembro de la policía y va en busca de un disco de memoria de su organización.
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Conan viaja a la isla Koumi junto a Kogoro, Ran, Sonoko, Agasa y la Liga de Detectives Juveniles. Un misterio lleva a los niños a ir resolviendo un mapa del tesoro mientras que Ran y Sonoko hacen buceo. Finalmente la historia de dos mujeres piratas y su barco escondido se entrelazarán y darán mucho juego en una aventura increíble. Ran se vera envuelta en un problema que Conan deberá resolver.
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Kogoro y Conan viajan a Yokohama por la solicitud de un cliente desconocido, pero caen en una trampa, y Ran y los Detectives Junior son tomados como rehenes. Si no resuelven el caso en el plazo de doce horas, las bombas vinculadas a los rehenes estallarán. Además el captor sabe que Conan es Shinichi Kudo y se unen al conflicto Kaito Kid y Hattori Heiji. ¿Podrán solucionar el misterio dentro del plazo?
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Hace 15 años el carguero 'Yashiromaru I' se hundió al norte del Océano Atlántico tras chocar contra un iceberg. El trágico accidente provocó conmoción en su tiempo. Conan y compañía resultan invitados al viaje inaugural del Aphrodite, un nuevo crucero de lujo que recorrerá el Pacífico. Una serie de asesinatos convierte el viaje en una pesadilla que aterroriza a los tripulantes por lo que Conan y sus amigos deberán frenar y resolver la situación.
