Etsuko Uemoto

東京から長野まで、1都3県で6人が殺される事件が発生。いずれの現場にも、印の刻まれた麻雀牌が残されていたことから警察は広域連続殺人事件とみて捜査を始める。探偵・毛利小五郎も出席する捜査会議についてきたコナンは、捜査会議の後、黒ずくめの組織の車を目撃する。一連の事件と黒ずくめの組織との関連は？　コナンは謎の組織を相手に危険な事件に立ち向かうことになる。

小五郎に連れられ、太平洋の孤島・神海島（こうみじま）を訪れたコナンたち。そこでは海に沈む古代遺跡“海底宮殿”と、18世紀に実在した女海賊アン・ボニーとメアリ・リードの財宝伝説が語り継がれていた。そんな中、ダイビング中の蘭と園子は、宝を狙うトレジャーハンターチームのひとりがサメに襲われ死亡する現場を目撃する。不審なものを感じたコナンは捜査を進め、やがて謎の言葉“ジョリー・ロジャー”が浮かび上がる。

謎の人物から横浜のテーマパークに招待されたコナンと蘭たち。だが皆が遊びに行く中、探偵毛利小五郎とコナンだけがホテルに残され、招待者からの依頼を明かされる。それは彼からのヒントをもとに、ある事件の謎を解いてほしいというものだった。ただし、12時間以内に解決できなければ、蘭たちが身に着けた腕時計型入園パスが爆発するという。コナンは同じく人質を取られた大阪の高校生探偵・平次らと協力して事件を追うが……。

15年前、北大西洋上で貨物船第一八代丸が氷山に衝突し沈没。船長とひとりのクルーが犠牲になった。時は流れ現代。大財閥・八代グループの一つ、八代造船の設計士が、自身が手掛けた豪華客船アフロディーテ号の初航海を見ることなく車を運転中に心臓発作で事故死する。その半月後、園子のはからいでコナン、蘭、小五郎たちは、同号の処女航海に参加していた。だが船中には不審な人物が暗躍、ついに殺人事件が発生する……。