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Febo Abel, dios del Sol y hermano de Atenea, retorna a la Tierra y resucita a los santos de oro muertos en la batalla de las doce casas, a fin de llevarse a su hermana y extinguir a la humanidad, considerando que ha llegado a un estado decadente. No obstante, los santos de bronce, quienes aparentemente son abandonados por Saori, evitarán que Abel cumpla su propósito, por lo que deberán enfrentarse a los santos de oro y a los tres misteriosos santos de la Corona.
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Han pasado 13 años desde los acontecimientos de la serie original de Mobile Suit Gundam. Pero la base de la paz está de nuevo amenazada por un ejército Neo Zeon liderado por el infame Char Aznable. Su objetivo final es iniciar un invierno nuclear en la Tierra, abriendo así una nueva era de la humanidad en el espacio. Equipado con el Estado presente Nu Gundam Mobile Suit, Amuro Ray y el ejército de la Federación son la única resistencia contra los Neo Zeon. A caballo entre la venganza, el deber y el amor, la batalla final entre los rivales Char Aznable y Amuro Ray está a punto de comenzar.
