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Abel, irmão de Atena, tentou em um passado distante tornar-se o deus dos deuses. Sua ambição fez com que Zeus se unisse a Apolo para derrotá-lo. Após sua morte, Zeus ordenou que todos os registros sobre Abel fossem apagados, para que as futuras gerações jamais soubessem de sua existência. Porém, devido às blasfêmias cometidas pelos humanos, os deuses resolvem ressuscitar Abel, que tem por função punir a humanidade. Para ajudá-lo em sua missão Abel ressuscita três cavaleiros da era mitológica, que são protegidos por armaduras de bronze de Atena e reforçados como Armaduras do Sol, e ainda um grupo de Cavaleiros de Ouro. Abel, juntamente com seus guerreiros, leva Atena ao Santuário, o que a faz abandonar os Cavaleiros de Bronze. Liderados por Seiya, os Cavaleiros de Bronze partem em sua busca e tentam impedir que a humanidade atinja seu juízo final.
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O filme apresenta o retorno do principal antagonista da série original, Char Aznable, que reaparece após cinco anos na clandestinidade para liderar Neo-Zeon mais uma vez na luta pela independência contra a Federação da Terra. Ainda determinado a fazer a humanidade colonizar totalmente o espaço, ele mobiliza as forças de Neo-Zeon para derrubar o asteroide Luna 4 na sede da Federação,em Lhasa, Tibet. Sob o pretexto de render as forças de Neo-Zeon, ele pretende derrubar também o asteroide Axis na Terra. No entanto, a Federação monta a sua própria força-tarefa anti-insurgente, a Londo Bell, para enfrentá-lo.
