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En el clímax de las Guerras Eva, el 24 de diciembre del año AC 195, los ejércitos de la Nación Mundial y el Colmillo Blanco se enfrentaron en una feroz batalla. El líder de la Nación Mundial, Treize Khushrenada, fue asesinado, el líder del Colmillo Blanco, Zechs Merquise, desapareció y la Tierra fue salvada de la destrucción por la intervención de los cinco pilotos de Gundam. Habiendo presenciado las consecuencias de la guerra y el odio, la gente de la Tierra y las colonias espaciales dejaron de lado sus diferencias y juntos fundaron un nuevo gobierno mundial.
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Tras interminables años de guerra civil, el Japón feudal tiembla ante una terrible amenaza: la aparición del Shogun de las Tinieblas, que con su ejército de criaturas demoníacas y sanguinarios guerreros, pretende convertir a todo Japón en sangre y fuego. Un poderoso guerrero errante llamado Jubei estará dispuesto a enfrentarse al Shogun de las Tinieblas y acabar con él cueste lo que cueste. Jubei es un legendario samurai cuyas técnicas de combate le permiten derrotar a cualquier enemigo. Durante una pelea, salvará la vida de la joven ninja Kagero y ésta será decisiva en la batalla final: el enfrentamiento contra los ocho demonios de Kimon.
