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After Colony 196 - Um ano se passou após a batalha entre a Terra e suas colônias. Heero, Duo, Trowa e Quatre enviam seus Gundams em direção ao sol. Relena Darlian é agora a ministra da Nação Unificada da Terra. Mas como os pilotos de Gundams estão ajustando à paz na Terra, Relena é sequestrada e uma nova ameaca aparece, conduzida por Mariemaia Khushrenada - a filha do recente ditador Treize Khushrenada e herdeira da Fundação Barton. Tornando ainda mais complicado, o piloto do Gundam Nakatu WuFei apoia essa discórdia. Os pilotos de Gundam conseguem recuperar os seus mobile suits e mais uma vez tentarão nessa batalha com Mariemaia impedir sua dominação global.
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Tudo começa com o extermínio da população da vila Shimoda, aparentemente dizimada por uma peste fulminante. Alguns membros da elite suspeitam que a peste possa ter sido causada de propósito e, por esta razão, a equipe Ninja Koga é recrutada para investigar o problema e descobrir o que realmente aconteceu na Vila Shimoda. Durante esta investigação, um encontro com sanguinários e demoníacos assassinos causa um verdadeiro massacre entre os membros da equipe Koga. Enquanto isto, o protagonista da história, o ninja mercenário Jubei Kibagami, acaba de cumprir com sucesso mais uma de suas missões. Após se perder durante a viagem, Jubei resolve pedir informações a um indivíduo nada amigável e de aparência assustadora. Os eventos que se seguem envolvem Jubei em uma trama que atinge os mais altos escalões do poder japonês, à época em que o Xogunato Tokugawa acabara de se instalar no país.
