Tenmasou is a long-established inn atop a mountain overlooking the sea, in a town called Mitsuse that exists between heaven and earth. The inn is run by Nozomi Tenma, the proprietress. Her younger sister Kanae works as a dolphin trainer. Their mother Keiko is the inn's elder proprietress, who is still resentful of her ex-husband that deserted his wife and family.
Summer Wars está protagonizada por el joven Kenji Koise, gran amante de las matemáticas y la informática, que tras quedar eliminado a primeras de un concurso de matemáticas a principios de verano se verá con todo el verano por delante y sin nada que hacer. Hasta que la chica más popular del instituto, Natsuki Shinohara, le invitará a pasar las vacaciones a su pueblo con su familia. La razón es que pretende hacer pasar a Kenji por su novio debido a una promesa realizada a su bisabuela. Pero las cosas se complicarán al día después de la llegada de los jóvenes, y tendrán que enfrentarse a una fabulosa aventura en un mundo de fantasía junto al resto de la familia comandados por la abuela.
Año 2084. Después de décadas de sangrientas luchas, una fuerza invasora alienígena está a punto de destruir lo poco que queda del mundo. En un desesperado intento por salvar la raza humana, un soldado de la guerrilla, de nombre Miri, recurre a la máquina del tiempo. A sólo 72 horas del plazo límite previsto para el inicio de las Guerras Alienígenas, convence a Miyamoto, un francotirador experto en artes marciales, para que se una a su causa.
Aoshima, a police detective working in the Bayside Precinct, is continually frustrated by the hierarchy and red tape that plague the system. His friend Muroi is climbing the ladder of the police bureaucracy. Muroi has made a pact with Aoshima that while Aoshima looks after the streets, Muroi would make life easier for the cops on the beat. One day in Bayside, a series of events turns the small station upside down.