Tenmasou is a long-established inn atop a mountain overlooking the sea, in a town called Mitsuse that exists between heaven and earth. The inn is run by Nozomi Tenma, the proprietress. Her younger sister Kanae works as a dolphin trainer. Their mother Keiko is the inn's elder proprietress, who is still resentful of her ex-husband that deserted his wife and family.
A história centra-se no colegial Koiso Kenji, um garoto prodígio em matemática que passa o seu tempo trabalhando em Oz, um mundo virtual. Kenji é um gênio com números, mas mal adepto socialmente. Ele tem uma paixão secreta por Shinohara Natsuki, mas não tem coragem de dizer a ela. No início de suas férias de verão, ele é convidado por Natsuki para ajudar na celebração do 90º aniversário da sua avó. Embora Kenji não conheça os detalhes do plano, ele concorda e vai com Natsuki a casa da sua avó em Ueda, Nagano. Para grande surpresa de Kenji, ele é apresentado na casa da família Shinohara como noivo de Natsuki.
Em 2084 a humanidade aposta todas as fichas em uma mulher que deve salvar o mundo da invasão de uma raça alienígena. Para isso ele terá que voltar a 2002, quando tudo começou e onde conhece um misterioso mercenário. Juntos eles se infiltram em uma base do governo e descobrem o porquê da invasão.
Aoshima, a police detective working in the Bayside Precinct, is continually frustrated by the hierarchy and red tape that plague the system. His friend Muroi is climbing the ladder of the police bureaucracy. Muroi has made a pact with Aoshima that while Aoshima looks after the streets, Muroi would make life easier for the cops on the beat. One day in Bayside, a series of events turns the small station upside down.
