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Hace 300 años, un experimento con plantas en la luna acabó con medio satélite y con la población de la Tierra. Ahora sólo unos pocos supervivientes cohabitan en las ruinas de las antiguas ciudades. Una de estas ciudades es Neutral, donde vive Agito, un muchacho que siempre está metiendose en líos con su mejor amigo. Su padre, uno de los tres fundadores de la ciudad, y quizás el más importante, se convirtió en un humano mejorado al llegar a un acuerdo con el bosque y sus criaturas.
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ShitoHaruka, es una joven mujer de 29 años que perdió al amor de su vida en un instante. Intenta recordar "algo" muy importante para ella, y para ello se une a la institución TERRA. El objetivo de Haruka es Kamina Ayato. Es un estudiante 12 años más joven que ella. Sin embargo, Ayato era la persona por la que sentía algo cuando se fue con él a Junior High. Amantes separados en el tiempo, un entorno de ciencia ficción y la prueba de la verdad en los corazones de la gente. La película se anima con el RahXephon de Ayato y la batalla conta los Dolems. Si Ayato despierta completamente, el mundo experimentará una terrorífica situación. Para evitarlo, Haruka debe matar a Ayato. Será capaz Haruka de tomar esa decisión Y la "bella durmiente" espera el beso de Ayato. Cómo cambiará su amor
