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Num futuro distante, os seres humanos são atacados pela floresta devido ao fracasso da manipulação genética da mesma. Mas mesmo com as adversidades proporcionadas pelo ambiente em que vivem, Agito e outras pessoas conseguem viver felizes em tal cenário. Certo dia, Agito encontra Tula, uma jovem do passado que estava em hibernação suspensa. Ela tem o conhecimento necessário para fazer o mundo retornar ao que era antes, mas será isso uma coisa realmente boa?
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Ayato Kamina foi separado da garota que amava. Três anos depois sua cidade é subitamente atacada, e Ayato conhece Haruka Shitow uma Agente da TERRA, que conta a ele a verdade sobre o mundo. Esse é o começo de uma série de eventos estranhos, que vão desde da ativação de um mecha gigantesco conhecido como Rahxephon, e dimensões alternativas até a constatação de que o próprio Ayato pode não ser humano.
