En el año 2045, Motoko Kusanagi y la Sección 9 se enfrentan a una nueva y peligrosa amenaza en esta reedición en formato película de la primera temporada de ‘SAC_2045’.
Taki y Mitsuha descubren un día que durante el sueño sus cuerpos se intercambian, y comienzan a comunicarse por medio de notas. A medida que consiguen superar torpemente un reto tras otro, se va creando entre los dos un vínculo que poco a poco se convierte en algo más romántico.
Karasuno High ingresa al Torneo de Voleibol Inter-High e inmediatamente demuestra que ya no son 'cuervos que no vuelan'. Después de su primer combate, Karasuno se enfrenta a Date Tech High y su famoso Muro de hierro, que detuvo todos los picos del as de Karasuno, Asahi, durante un combate anterior. Karasuno, sin embargo, rompe el Muro de Hierro esta vez y pasa a los octavos de final. El recién rejuvenecido Karasuno lucha contra Aoba Johsai High y busca tener el mismo resultado que su primer partido de práctica.
Es el año 2034, han pasado dos años desde que Motoko Kusanagi dejó la Sección 9. Ahora, Togusa, como nuevo líder del equipo, ha considerado necesario el incremento de personal. Esta ampliada nueva Sección 9 se enfrentará a una serie de complicados incidentes, detrás de los cuales se encuentra un ultra-hacker conocido con el nombre de El Marionetista. Durante la investigación que lleva a cabo Batou, este se cruzará de nuevo con Motoko, que dejará un mensaje: "Manteneos alejados de la Solid State Society". Película especial que cierra el argumento de la serie “Stand Alone Complex”, estando considerada en algunos sitios como la tercera temporada no oficial.
Película recopilatoria lanzada directamente a DVD, que recupera toda la subtrama "Individual Eleven" de la segunda temporada de la serie Ghost in the Shell: Stand Alone Complex, "Ghost in the Shell: SAC 2nd Gig".
Película recopilatoria lanzada directamente a DVD, que recupera toda la subtrama "El hombre que ríe" de la serie Ghost in the Shell: Stand Alone Complex, añadiendo metraje extra y mejorando la calidad de la animación, equiparándola a la de Ghost in the Shell 2: Innocence.