La acción de Galaxy Express 999 Fantasía Eterna se desarrolla 1 año después de la vuelta de Tetsuro a la Tierra. Maetel rescatará a un aprisionado Tetsuro y lo embarcará un vez más a bordo del GE999. Juntos tendrán la obligación de liberar la galaxia de las fuerzas oscuras.
Yousuke Obata vive en la isla de Pago Pago, en el archipiélago de Fiyi, con su padre Tetsurou, un especialista en biología oceanográfica. Después de que una tormenta azote la isla, Yousuke viaja a la laguna con su moto de agua y encuentra allí un extraño bebé reptil. Tras llevarlo al laboratorio de su padre, decide quedárselo y llamarlo Coo. A medida que Coo crece y su tamaño aumenta, su parecido a un dinosaurio de hace más notorio y hará que haya otras personas interesadas en la criatura...
When brilliant surgeon Ukyo Retsu removes a cancer from a mysterious old woman, he doesn't realize that the cancer is a 5000 year-old demon. Ukyo must then assume the role of protector of the Earth.
A club of young men who live by logic find themselves in love, and their lives fall apart as they try to cope with the emotions their romance strikes on them.
