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La película está compuesta por dos historias: “Ishi Okoshi” y “Ayashiki Raihousha”. En “Ishi Okoshi”, Natsume se encuentra con un pequeño youkai llamado Mitsumi en un bosque. Mitsumi tiene como deber despertar al divino youkai “Iwatetsu” de su profundo sueño, cosa a la que accede ayudar Natsume. En “Ayashiki Raihousha”, un visitante misterioso aparece frente a Tanuma. Casi todos los días, visita a Tanuma, le habla un poco y luego se va. Natsume, que sabe que el visitante es un youkai, se preocupa por Tanuma, pero Tanuma disfruta de estas charlas con la entidad. El youkai no quiere hacerle daño, pero la salud de Tanuma comienza a deteriorarse lentamente.
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Takashi Natsume continúa devolviendo los nombres de los espíritus que se han escrito en el "Libro de los Amigos" que heredó de su abuela, Reiko Natsume. Mientras navega entre humanos y youkai con su amigo, mascota y guardaespaldas Nyanko-sensei, Natsume se reúne casualmente con un viejo compañero de clase, Daisuke Yuuki. Este reecuentro le trae recuerdos dolorosos de un youkai de su pasado. Mientras tanto, Natsume también se familiariza con Yorie Tsumura, una mujer que conocía a Reiko y que estaba en los recuerdos de un youkai cuyo nombre había regresado. Yorie ahora vive una vida pacífica con su único hijo, Mukuo. Pasar tiempo con esta familia consuela a Natsume, pero un misterioso youkai ha estado al acecho en su ciudad. En el camino de regreso de la investigación con Natsume, Nyanko-sensei termina metiéndose en problemas de los que solo Natsume y sus amigos, ya sean youkai o humanos, pueden ayudarlo a salir.
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Cuando era pequeña, Hotaru se perdió en el bosque cerca del lugar donde va todos los veranos, la casa de su tío. Allí tuvo un extraño encuentro con Gin que la ayuda a encontrar el camino de vuelta. Gin es un joven que lleva una máscara blanca y que, debido a un hechizo, no puede ser tocado por ningún humano. Ella empieza a visitarlo todos los veranos según va creciendo, mientras espera la llegada del verano, para que su tiempo juntos continúe.
