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O filme possui duas histórias: “Ishi Okoshi” e “Ayashiki Raihousha”. Em “Ishi Okoshi”, Natsume conhece um pequeno Youkai chamado Mitsumi em uma floresta. Mitsumi recebeu a missão de acordar o Youkai divino Gantetsu de seu sono profundo. Natsume se preocupa com Mitsumi e decide ajudá-lo na sua tarefa. Em “Ayashiki Raihousha”, um visitante misterioso aparece na casa de Tanuma. Quase todo dia esse visitante vai até Tanuma, conversa um pouco com ele e vai embora. Natsume, sabendo que o visitante é um Youkai, se preocupa com Tanuma, mas Tanuma está curioso sobre o Youkai. Este Youkai não representa perigo, mas a saúde de Tanuma começa a piorar aos poucos.
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Natsume tem estado ocupado navegando entre humanos e youkais quando ele coincidentemente se reúne com um velho colega de classe, Yuki. Ele traz de volta memórias dolorosas de um certo youkai. Enquanto isso, Natsume também se familiarizou com Yorie, uma mulher nas memórias de um youkai cujo nome ele havia retornado. Yorie sabia muito sobre Reiko, mas agora vivia uma vida pacífica com seu único filho, Mukuo. Estar com essa família era reconfortante para Natsume, mas aparentemente um misterioso youkai estava à espreita em sua cidade.
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A história de Hotarubi no Mori e se foca em uma pequena garota chamada Hotaru. Ela se perde em uma floresta que popularmente é dita como uma floresta em que se reside vários espirítos. Na floresta Hotaru se depara com um jovem utilizando uma máscara de raposa. Ele se diz um espiríto com uma maldição que no momento que um humano tocá-lo ele irá desaparecer.”
