Ikkyu Juku

2029年1月。ニューポートシティ郊外で航空機爆破テロが発生し、荒巻率いる公安9課は米軍情報部から共同捜査の要請を受ける。事件の容疑者として挙げられたのは疑似記憶を植え付ける電脳ウィルス「ファイア・スターター」のブローカーとされる、通称“パイロマニア（放火魔）”。ホヅミ大佐を殺害するためにカルテルから派遣され、自身を追跡していた米軍情報部員を航空機ごと爆破テロによって殺害したとされる。草薙はホヅミ大佐の身柄を餌に、パイロマニア捕獲の為、包囲網を敷くが―。

2029年3月、総理大臣暗殺事件という戦後最大の事件が発生した。 被害者の中には草薙素子のかつての上司、501機関のクルツもいた。バトーやトグサたち寄せ集めメンバーと捜査を開始する草薙。 「お前たちは私のパーツだ。パフォーマンスを発揮出来ないヤツはパージする」と言い放つ草薙に、「俺たちはパーツか？」と反発するメンバー。 事件の背後にあったのは、戦後の義体開発の行く末を左右する技術的障害【デッドエンド】をめぐる政治的取引。 さらに「洗脳・ゴーストへの侵入・疑似記憶の形成」を一度に行う電脳ウィルス【ファイア・スターター】の存在も見え隠れする。 そして、事件を捜査する中で掴んだ手がかりは、草薙の秘められた生い立ちにも繋がっていたのだった……。暗躍する謎のサイボーグ。 総理大臣暗殺の真相。“第三世界”の存在。その先に待ち構える罠。たった１人で己の“戦場”に向かう草薙は、後に残すメンバーに最後の“命令”を告げる。 「自分のゴースト（魂）に従え」。残された６人が己のゴーストに従う時、はぐれ者の寄せ集め集団は最高のパフォーマンスを発揮するチームへと変化する。 “攻殻機動隊”誕生の瞬間に、世界は震撼する―。

戦後復興の兆しある2028年冬のニューポートシティ――。 国外カルテルの利権を巡る水の価格協定への抗議デモを見守る、草薙素子少佐率いる独立攻性部隊の姿があった。その目の前で警備の機動隊による無差別発砲事件が突如発生。それら前代未聞の同時ゴーストハックは電脳ウィルス“ファイア・スターター”が引き金となったものだった。草薙は感染源であるサイードを特定、事件鎮圧のために銃撃する。その最中、草薙の電脳に“枝”をつけた何者かがいた。バトーたちが対象人物の元へと急行すると、そこには全身義体の少女ツダ・エマの姿があった――。陸軍情報部ホヅミ大佐が申し出たエマの引取りを拒絶した荒巻の指示で彼女を護送・調査する草薙は、エマのゴーストへのダイブを敢行。そこには“ブリキの少女”エマと“カカシの男”ブリンダジュニア、ふたつのゴーストが存在した。彼らが目指すものは何なのか。陰謀渦巻くダブルゴーストの真相に草薙が迫る――。

恋人と甘い一時を過ごす休暇中の草薙素子の元に、仲間となったバトーから爆弾テロの急報が届く。その現場を制圧すると主犯のカルディス人の胸にはテロリスト「スクラサス」のシンボルが刻まれていた。 それと同じ頃、山の手のダムで起きた爆発でひとりの刑事が死亡した。その所持品には“人魚の脚（MERMAID'S LEG）”と記された義体技師の名刺と義体の脚部が遺されていた。それを手懸りに死んだ刑事の後輩であるトグサが捜査を開始する。

５０１機関から独立を果たし軍内部での自由を得た草薙素子。しかし自立を後押しした公安９課の荒巻からの誘いを断り、自身の部隊の結成を考えていた。そのさなか、何者かによるロジコマへのハッキングが発生する。 荒巻の要請で調査のためにロジコマをラボまで移送する草薙だったが、突然、武装集団に襲撃に遭う。そこには「眠らない眼」を持つ元レンジャーのバトーとボーマ、元陸軍情報部のイシカワの姿があった。 彼らは難民虐殺の罪で犯罪者として法廷に立たされている混成７８部隊の元上官ソガ・カズヤ大佐の無実を証明するために特殊軍事モジュールで電子的作戦を進めていた。だがそれに干渉できる並列解除コードの複製がロジコマに隠されたことを掴みロジコマの破壊を狙う。 それを草薙に伝えたのは米軍情報部エージェントのヴィヴィーだった。草薙は、ヴィヴィーとともに陸軍警察のパズ、海兵隊のエーススナイパーのサイトーをスカウトし反撃に出る。

2027年、第四次非核大戦終戦から一年、戦禍の爪痕癒えぬニューポートシティで自走地雷を使った爆殺事件と、兵器売買における収賄容疑の掛った軍人が銃殺される事件があった。 雨烟る中、その軍人の電脳を求め墓地を暴く公安の荒巻大輔。 そしてその背中に冷たい銃口を向けたのは、殺された上官の容疑を晴らそうと動く陸軍義体化部隊『501機関』に所属する超ウィザード級ハッカーにして全身義体のサイボーグ、草薙素子だった。 だがこの事件を追いかけているのは草薙だけではなかった。 彼女を爆殺事件の犯人と疑い付け狙う『眠らない眼』を持つ男、バトー。 銃殺事件と娼婦殺人事件の共通項を捜査する新浜県警の刑事トグサ。 そして『501機関』のクルツ中佐とサイボーグエージェントたちが草薙の動向を注視していた。 彼らが追い求めるものは、目の前の「事実」と失われた「真実」とが交錯する電脳社会の混沌に身を潜める。自身の未来と掲げた理想のために草薙の本能が今、起動(アライズ)する。

昭和二十五年に起った天銀堂殺人事件の容疑者、元子爵椿英輔は忌わしい嫌疑を恥辱としてか信州で自殺をとげたが、夫人[火禾]子は今尚英輔の幻影に悩まされていた。令嬢美彌子の頼みで名探偵金田一耕助は一夜椿邸で行われた目賀博士の砂占いに列席した。集った人達は[火禾]子、美彌子、目賀博士の他、[火禾]子の叔父玉虫元伯爵と妾菊江、[火禾]子の兄新宮利彦と妻はな、道楽息子の一彦、椿家執事木下善四郎、書生三島東太郎などであったが、博士の占い通りその夜玉虫伯爵は何者かに殺害された。耕助は英輔の日記の空白を手がかりに神戸に赴き、以前英輔が別邸の管理人植辰の妹お駒を尋ねる目的があった事を調べ上げる。お駒も既に殺害されていたが、お駒の養子宗二郎が失踪している事と、妙光院の痣とり地蔵尊の裏面に彫られた文字から秘密を嗅ぎ出し、急拠東京へ引返す。しかし椿邸では新宮利彦が殺されていた。居並ぶ人々の前で三島青年が動揺しているのを見届けた耕助は逮捕状を携えて再度椿邸の門を潜るが、一同は鎌倉の別邸に行った後だった。その頃鎌倉では新宮利彦と[火禾]子の間に兄妹姦淫の子として生れた三島青年実は宗二郎が、目賀博士と[火禾]子に詰めよっていた。驚いた[火禾]子は青酸カリの盛られた鎮静剤を飲んで一瞬にして絶命。直後到着した耕助は一同の前で始めて事件の顛末を発表した。－－今から二十数年前、[火禾]子は兄利彦に犯されて一児を生み落し、叔父玉虫伯爵はその子を宗二郎と名付け植辰の妹お駒に預けたが、椿家財産横領を企む目賀博士は宗二郎が幼年で死んだ後、植辰と謀ってその子治雄の片腕に火焔太鼓の痣を彫りつけて宗二郎に仕立て上げ、椿家乱倫の実状を明かして復讐を誓わせたのである。かくて真相を知らぬ治雄を三島東太郎の仮名で椿家の書生に送りこんだ目賀博士は英輔に[火禾]子の行状を告げて自殺に追い込み、その亡霊の恐怖を利用して玉虫伯爵、利彦、お駒、[火禾]子と次々に殺害したのである。鋭い耕助の推理と植辰の証言に、目賀博士は拳銃を取って乱射するが、耕助の反撃に挫け、遂に警官に捕われた。...