Ikkyu Juku

25주년 신 극장판으로 이어지는 오리지날 에피소드. 사건을 해결하고 총리에게 감사패를 받는다. 이것으로 예산과 권한을 인정받는 것으로 보인다.

2029년 3월, 전후 최대의 사건으로 불리는 일본 총리 암살사건이 벌어지자, 쿠사나기 소령은 사이보그 대원들로 구성된 정예 부대를 이끌고 수색에 나선다. 대테러의 배후를 파헤치던 쿠사나기 소령은 자신과 똑같은 모습을 한 사이보그를 뒤쫓던 중, 그녀의 출생에 얽힌 충격적인 진실을 마주하게 되는데… 드디어 ‘공각기동대’의 전설적인 서막이 열린다! “자신의 고스트를 따르라!”

멀지 않은 미래에 인간이 몸의 각 부분을 인공물로 대체할 수 있게 되고, 심지어 뇌 까지도 대체를 하게 된다. 인간의 영혼이 담겨 있다고 생각하는 ‘뇌’ 까지도 대체를 하게 되면, 과연 ‘인간’ 을 어떻게 정의할 수 있는지에 대한 혼란에 빠지게 된다. 특히, 뇌를 컴퓨터로 대체할 경우, ‘해킹’ 에서 자유로울 수 없기 때문에, ‘조작된 기억’ 과 ‘타인에 의한 조종’ 이 문제될 수 있다.

공안 9과 창설 후 쿠사나기 소령은 애인과 즐거운 한 때를 보낸다. 한 편 순도 100퍼센트의 정밀공업용수 확보를 위해 물 가격 협상을 벌이던 도중 댐이 폭파되고 물 매매에 제동이 걸리게 된다. 물 가격 협상을 제지하려는 쿠잔 공화국의 게릴라인 카르디스인들은 음모를 꾸미게 되고 마침내 공안 9과에까지 접근을 하게 되는데...

501부대에서 독립하고 자신의 부대를 만들기로 결심한 쿠사나기 모토코. 공안 수장 아라마키의 요청을 받고 해킹 당한 구식 전차 로봇 로지코마를 연구소로 이송하는 임무를 맡는데, 이송 중 갑작스레 무장 집단의 습격을 받는다. ‘잠들지 않는 눈’ 바트를 포함한 이들 무장 세력은 바로 전범으로 법정에 서 있는 78부대의 예전 상관 소가 카즈야 대령의 억울함을 증명하기 위해 로지코마를 파괴하려 한 것이다. 쿠사나기는 미군정보부 정보요원 비비와 함께 육군경찰인 버즈, 해병대 에이스 스나이퍼 사이토를 스카우트, 반격에 나서지만 예상치 못한 진실에 맞서게 되는데…

제 4차 비핵대전 1년 후인 2027년 전쟁의 상처가 채 아물기도 전, 뉴포트시티에서 자주지뢰를 이용한 원인불명의 연쇄 살인사건이 발생하고, 쿠사나기는 자신의 상관인 마무로 중령이 죽기 전 그녀에게 남긴 메시지를 듣고 그의 죽음이 단순 살인사건이 아님을 직감한다. 그러던 중 쿠사나기가 연쇄 살인사건의 용의자로 지목 되면서 또한 중령의 죽음과 연쇄 살인사건이 깊게 연관되어 있다고 판단한 바트, 아라마키, 토구사와 함께 감춰진 사건의 실마리를 추적하기 시작하는데… 숨겨진 진실을 찾기 위한 운명적인 그들의 첫 만남이 시작된다!

1947년. 긴자의 보석점에서 점원들이 독살하고 보석을 도난하는 흉악한 사건이 벌어진다. 츠바키 히데스케 자작이 용의선상에 올라 조사를 받지만 칸사이를 여행중이라는 알리바이가 성립해 풀려난다. 하지만 히데스케는 딸인 미네코에게 유서를 남기고 실종되어 2달후에 시체로 발견된다. 히데스케의 아내인 아키코는 자살한 히데스케와 꼭 닮은 사람을 목격하기 시작해, 아직 살아있을거라 의심하여 '모래점'을 통해 그 사실을 밝히려 한다. 미네코와 토도로키 경부는 긴다이치 코스케에게 참석을 의뢰하여, 의식에는 긴다이치 코스케를 포함한 10명이 입회하게 된다. 하지만 참석자 중 한명인 미네코의 백부 타마무시가 살해당하는 일이 발생하고, 긴다이치가 이 사건을 조사하던 중 츠바키가의 서생인 미시마가 히데스케와 칸사이의 스마 지방을 둘러보고 왔다는 사실을 알아낸다. 긴다이치는 스마에 이 사건을 풀어낼 열쇠가 있다 생각해 스마로 향한다.