Takashi Sakurai

12体のシャドウをすべて倒し、戦いに決着を付けたはずの理たち特別課外活動部。だが彼らの前に現われた転校生、綾時の正体が、実は滅びの宣告者である13体目のシャドウ“デス”であると判明する。これまでの戦いはデスを目覚めさせるためのものに過ぎなかったのかと絶望する理たち。そんな彼らに、綾時は戦いの記憶を消して穏やかに最後の時を迎えるか、すべてを知ったまま滅ぶかという選択肢を与える。

4月から月光館学園に転校してきた高校2年生の理（まこと）は、ある夜1日と1日の狭間にある“影時間”に陥ってしまう。時間が止まったように静止する街の中で、理は異形の怪物、“シャドウ”に襲われ、思わず自らの中から同じような異形の存在を出現させる。その存在は“ペルソナ”といい、シャドウに対抗する唯一の手段だった。やがて彼は、部活に偽装した同高校のペルソナ能力者組織“特別課外活動部”に招かれることになる。

「平和が一番」をモットーにする中学生、桜井智樹。智樹が住む美しい自然に囲まれた町・空美町に未確認生物のイカロス、ニンフ、アストレアが空から落ちてきたことから、智樹の平凡な日々は変化していく。そんな智樹の姿を見守る風音日和だったが、智樹の所属する新大陸発見部に入ることを決意。ところが、楽しい日々を送る日和をある悲劇が襲い……。