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유우키 마코토는 어렸을 때 사고로 부모님을 잃고 친척의 손에 맡겨져서 다른 곳으로 이사를 갔다가 10년만에 원래 살던 곳으로 전학온다. 마코토가 전학 간 월광관 고등학교는 일반 사립인 듯 했으나 사실 페르소나 능력자들이 집합되어 있는 곳이었다. 마코토는 기숙사에서 쉐도우라는 괴물에 습격 받으면서 페르소나 능력의 존재를 각성을 한다. 마코토는 자신과 같은 페르소나 능력자들을 통해 자신이 살고 있는 세계의 이면에 있는 쉐도우라는 존재를 알게 된다. 그리고 동료들과 함께 쉐도우의 피해자들을 구하기 위해 노력하는데......
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모든 사람들은 하루는 24시간이라고 생각한다. 그러나 현실은 다르다.
세상에는 1일과 1일 사이에 숨겨진 시간 '쉐도 타임'이라는 것이 존재한다.
거리는 모든 움직임을 멈추고 거리의 사람들은 관으로 모습을 바꾼다. 그리고 그런 거리에는 알 수 없는 괴물 통칭 '쉐도우'라고 불리는 것들이 돌아다닌다.
이런 괴물에 대항 가능한 자는 오직 '페르소나'라는 특수한 힘을 가진 자들 뿐이다. 사립 월광관 학원에 전학온 유키 마코토는 자신의 페르소나를 각성하여 같은 페르소나 소유자들과 함께 특별과외활동부에 소속된다.
이들은 각자의 목적을 위해 쉐도 타임의 진상을 쫒고 있는데, 과연 이 곳에서 마코토가 만나게 되는 운명은.....
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토모키를 오랫동안 짝사랑하던 히요리는 큰 마음을 먹고 자신의 마음을 토모키에게 고백한다. 그러나 그의 대답을 들으러 가는 길에 히요리는 사고로 죽게 된다. 히요리는 토모키가 보고 싶은 마음에 자발적으로 엔젤로이드가 돼, 제타라는 이름으로 다시 지상에 내려온다. 하지만 제타는 이미 적에게 세뇌 당한 엔젤로이드. 그녀는 토모키를 죽이라는 마스터의 명령을 받아 자신이 살던 마을을 파괴한다. 다른 엔젤로이드들이 히요리를 적으로부터 구해내려고 노력하지만, 그럴수록 제타의 폭주는 그칠 줄 모르는데…. 과연 엔젤로이드들은 무사히 히요리를 구할 수 있을까?
