Yuuki Moriyama

過去の「感染」よって、正常な機能を失い無秩序に、そして無限に増殖する巨大な階層都市。都市コントロールへのアクセス権を失った人類は、防衛システム「セーフガード」に駆除・抹殺される存在へと成り下がってしまっていた。都市の片隅でかろうじて生き延びていた「電基漁師」の村人たちも、セーフガードの脅威と慢性的な食糧不足により、絶滅寸前の危機に瀕してしまう。少女・づるは、村を救おうと食糧を求め旅に出るが、あっという間に「監視塔」に検知され、セーフガードの一群に襲われる。仲間を殺され、退路を断たれたその時現れたのは、“この世界を正常化する鍵”と言われている「ネット端末遺伝子」を求める探索者・霧亥（キリイ）であった。

佐藤が企てる計画の第2ウェーブ「浄化」によって要人が次々と殺されていき、計画は最終段階である「第3ウェーブ」に進もうとしていた。日本政府はテロリストには断固として屈しないという姿勢を貫き、水面下では警察や特殊部隊、そしてアメリカ国防省もそれぞれの動きをみせるなか、亜人の高校生・永井圭も佐藤を無力化させるための策を練るが……。

テロリスト・佐藤の呼びかけに応じて7人の亜人が集結し、佐藤は彼らに驚くべき計画を告げる。集められた亜人のひとり、中野攻は、佐藤の話に戸惑いを隠せずにいたが……。

どのように死亡しても即座に身体を再生する「亜人」の存在は、人類の夢であり、無限の利用価値を秘めていた。これまでに世界で46体、日本では2体の亜人が確認されていたが、ある日、高校生の永井圭が交通事故で死亡した直後に蘇生し、国内3例目の亜人であることが発覚。圭は、警察や亜人管理委員会、亜人にかけられた賞金を狙うすべての人間から追われる身となってしまう。

1,000年前に対話が一切できない異生物・奇居子によって太陽系が壊滅して以来、人類の一部は巨大な宇宙船シドニアで繁殖しつつ宇宙をさまよっていた。シドニアの地下で生活してきた少年の谷風長道は、衛人と呼ばれる大型兵器の訓練生となり、やがて歴史的名機・継衛の操縦士となる。あるとき、再び奇居子が出現し……。