도시의 컨트롤에 대한 액세스 권한을 잃은 인류는 방어 시스템 '세이프 가드'에 의해 말살당하는 존재로 전락해 버렸다. 도시의 구석에서 간신히 살아남아 있던 "전기어사"인 마을 사람들도 세이프 가드의 위협과 만성적인 식량 부족으로 인해 멸종 위기 위기에 처해 버린다. 이러한 위기에 마을 소녀 '츠루하'는 마을을 구하려고 음식을 찾아 나서지만, 순식간에 '감시탑'에서 보내진 세이프 가드의 무리에게 습격 당한다.동료가 살해당하고 퇴로가 끊어졌던 그 때 나타난 것은 "이 세상을 정상화하는 열쇠"라고 하는 '넷 단말 유전자'을 찾는 탐색자 '키리이'였다.
사토를 막기 위하여 토사키와 손을 잡은 나가이 케이. 사토가 후생대신을 살해하러 나서는 순간을 노려 사토를 붙잡겠다는 게 이들의 계획이었지만, 예기치 못한 돌발사태로 인해 그 계획은 수포로 돌아간다. 한편 점점 폭주해가는 사토는 무슨 생각인지 도저히 가늠하기 어려울 지경이었다.
사토는 실력행사를 통하여 아인에 대한 차별을 철폐시키고 살기 좋은 나라를 만들겠다고 대대적으로 공표하고, 잇따른 실책으로 궁지에 몰린 토사키는 어떻게든 아인들을 붙잡기 위해 혈안이 된다.
한편 연구소를 탈출한 케이는 한 시골마을에 숨어 지내며 자기 능력을 시험해나가고 있었는데…
사토의 방침에 반대하는 또다른 아인, 나카노 코우가 케이를 찾아와 도움을 부탁한다.
미스테리 스릴러 만화 의 극장판 1부. 주변의 시기질투에도 불구하고 씩씩하고 바르게 살아가려고 노력하는 우등생 나가이 케이. 평범하게 살아가던 그는 어느날 하교길에서 심각한 교통사고를 당해 즉사해야 했으나 이를 통해 자신이 전세계에서 40명 정도밖에 되지 않는, 결코 죽지 않고 몸에서 나오는 가루로 보이지 않는 생명체를 만들어내는 신인류인 아인(亞人)이라는 것을 발견하게 된다. 인간과 전혀 이질적인 존재에 대한 사람들의 경계, 그로 인해 나가이에게는 막대한 현상금이 걸리게 되고, 존재가 다르다는 이유만으로 아인에게 가해지는 폭력과 고문을 경험하게 되면서, 나가이의 도피가 시작되는데..
태양계 멸망 이후 천년, 인류는 시도니아라는 인공 방주를 타고 우주를 떠돈다. 하지만 시도니아를 노리는 우주 생명체 '가우나'에게 매일 생존의 위협을 받고 있다. 어느날 지하 세계에서 할아버지와 살고 있던 타니카제 나카테가 쌀을 훔치지 위해 지상으로 나온다. 붙잡혀 취조를 받게 된 그에게 신변 보호를 자처하는 사람이 나타나게 되고, 그는 모리토 조종사가 된다. 첫 출전에 '츠구모리'라는 기체에 타게 되면서 이목을 끌게 된 타니카제는 몇번의 출전을 통해 정식 조종사로 임명 받는다. 그리고 이에 자극을 받은 조종사 '쿠나토'는 그를 위험에 빠뜨리기 위한 어떤 계략을 준비하게 된다.
