Shinpei Koikawa

2029年3月、総理大臣暗殺事件という戦後最大の事件が発生した。 被害者の中には草薙素子のかつての上司、501機関のクルツもいた。バトーやトグサたち寄せ集めメンバーと捜査を開始する草薙。 「お前たちは私のパーツだ。パフォーマンスを発揮出来ないヤツはパージする」と言い放つ草薙に、「俺たちはパーツか？」と反発するメンバー。 事件の背後にあったのは、戦後の義体開発の行く末を左右する技術的障害【デッドエンド】をめぐる政治的取引。 さらに「洗脳・ゴーストへの侵入・疑似記憶の形成」を一度に行う電脳ウィルス【ファイア・スターター】の存在も見え隠れする。 そして、事件を捜査する中で掴んだ手がかりは、草薙の秘められた生い立ちにも繋がっていたのだった……。暗躍する謎のサイボーグ。 総理大臣暗殺の真相。“第三世界”の存在。その先に待ち構える罠。たった１人で己の“戦場”に向かう草薙は、後に残すメンバーに最後の“命令”を告げる。 「自分のゴースト（魂）に従え」。残された６人が己のゴーストに従う時、はぐれ者の寄せ集め集団は最高のパフォーマンスを発揮するチームへと変化する。 “攻殻機動隊”誕生の瞬間に、世界は震撼する―。

ガッツが去ったことで自暴自棄となったグリフィスが反逆の罪で囚われ、鷹の団も逆賊として追われる身となって１年。崩壊していく団を率いるキャスカの前に、再びガッツが現われる。キャスカは怒りをぶつけながらも、その言葉とは裏腹にガッツと身も心も結ばれていく。その後２人は、わずかに残る仲間と共にグリフィス救出へと向かう。しかし幽閉されていたグリフィスは、凄惨な拷問の末に、見るも無惨な姿と成り果てていた。そんな全てを失い、絶望に打ち震えるグリフィスの前に、失われたはずのベヘリット“覇王の卵”が現われるが…。

大きな野望を抱く傭兵集団“鷹の団”のカリスマ、グリフィスは、一匹狼として生きてきた剣士ガッツを仲間に引き入れることに成功し、数々の激闘で勝利を収め、ミッドランド王国の中で存在感を高めていく。そんな中、敵国チューダー帝国との最終決戦を迎えていたミッドランドでは、難攻不落のドルドレイ要塞攻略に手こずり、苦戦を強いられていた。するとグリフィスは国王に、鷹の団だけで出陣するという作戦を進言し、無謀とも思える戦いに踏み込んでいくのだが…。