2029년 3월, 전후 최대의 사건으로 불리는 일본 총리 암살사건이 벌어지자, 쿠사나기 소령은 사이보그 대원들로 구성된 정예 부대를 이끌고 수색에 나선다. 대테러의 배후를 파헤치던 쿠사나기 소령은 자신과 똑같은 모습을 한 사이보그를 뒤쫓던 중, 그녀의 출생에 얽힌 충격적인 진실을 마주하게 되는데… 드디어 ‘공각기동대’의 전설적인 서막이 열린다! “자신의 고스트를 따르라!”
거듭되는 전승으로 승승장구하던 ‘매의 단’의 대장 그리피스는 가츠가 떠난 뒤 공주를 범한 죄로 지하감옥에 갇히고 ‘매의 단’은 역적으로 몰려 떠돌이 신세가 된다. 일년 뒤, 다시 돌아온 가츠는 그리피스의 소식을 듣고 그를 감옥에서 구해낸다. 그러나 오랜 고문으로 이미 재기불능 상태가 돼버린 그리피스. 모든 꿈이 꺾인 그는 현실에 비관하며 목숨을 끊으려 하고 그 순간, 그의 강렬한 야망이 봉인된 ‘고드핸드’를 불러낸다. 신과 인간의 중간 존재인 ‘고드핸드’는 소원을 이루기 위해선 제물이 필요하다 말하고 이에 그리피스는 ‘매의 단’을 바치겠다 말하는데…! 고드핸드 ‘페무토’로 부활한 그리피스와 죽음의 낙인이 찍힌 ‘가츠’의 대결! 모든 이야기는 지금부터 시작이다!
매의 단의 일원이 된 후, 3년의 시간이 흘렀다. 힘든 전쟁과 고난 속에서도 그리피스와 함께 그의 꿈을 추구해 나가는 것이 그의 임무라 생각했던 가츠는 그리피스의 말에 충격을 받게 되고, 그와 동등한 위치에 서기 위해 매의 단의 탈퇴를 결심한다. 그 무렵, 미들랜드의 백호기사단은 뚫기 어려운 돌도레이 요새 공략을 시도하지만, 튜터 최강의 보스콘 장군이 이끄는 자서성 기사단을 직면하고 전멸하게 된다. 매의 단의 발전을 위해 이번 전쟁이 기회라고 생각한 그리피스는 미들랜드 왕에게 요새 공략을 위해 매의 단을 보낼 것을 제안하고, 가츠는 매의 단을 탈퇴하기 전 그리피스와 함께하는 마지막 싸움을 준비하는데... 3만 명의 적군과 5천 명의 매의 단의 싸움. 이제 피비린내 나는 전쟁이 시작된다! (2012년 14회 부천국제학생애니메이션페스티벌)
