Kazumi Kataoka

栞子・ミア・ランジュを加え13名となった「虹ヶ咲学園スクールアイドル同好会」。他校も巻き込んだ祭典「第2回スクールアイドルフェスティバル」、そして同好会ファーストライブの開催――。進んでいく季節のなかで、メンバーたちはあるときはライバル、あるときは仲間として、それぞれの想いを胸に活動している。 そんな中、2週間の短期留学を終えてロンドンから帰国した歩夢の隣には、スクールアイドルに憧れる短期留学生のアイラがいた。栞子をはじめとした同好会のメンバーたちは彼女の夢を応援するため、スクールアイドル体験プロジェクトを計画する。

マサラタウンで暮らす少年サトシは、ポケモントレーナーの資格を得る10歳の誕生日を楽しみにしていたが、当日の朝に大寝坊をしてしまう。慌ててオーキド研究所へポケモンをもらいに行ったサトシに残されていたのは、人間に懐こうとしないピカチュウだけだった。サトシとピカチュウはぶつかりあいながらも友情を深めていき、旅立つ日に偶然にも上空を飛んでいた伝説のポケモンと言われるホウオウを見て、いつか一緒に会いに行こうと約束する。旅の途中で出会ったトレーナーからホウオウにまつわる言い伝えを聞かされたサトシたちは、いつの間にかサトシの影に潜んでいた謎のポケモン、マーシャドーに導かれるようにして、ホウオウが住むテンセイ山を目指す。

学校の存続を懸けた第63回戦車道全国高校生大会を優勝で終え、平穏な日常が戻ってきた大洗女子学園。ある日、大洗町でエキシビションマッチが開催されることに。大洗女子学園と知波単学園の混成チームと対戦するのは、聖グロリアーナ女学院とプラウダ高校の混成チーム。今やすっかり大洗町の人気者となった大洗女子学園戦車道チームに町民から熱い声援が送られた。戦いを通じて友情が芽生えた選手たち。試合が終われば一緒に温泉に浸かり、お喋りに華が咲く。そんな時、生徒会長の角谷 杏が「急用」で学園艦に呼び戻される。いぶかしがる大洗女子のメンバーたち。果たして「急用」とは…？ 大洗女子学園、決断の時― 新たな試合（たたかい）が始まる！

イッシュ地方を手中に収めるべく暗躍していた組織「プラズマ団」。今ではサトシとNらの活躍で壊滅してしまった彼らは過去に絶滅したポケモンを現世に蘇らせていた。それが3億年前までに生息していたといわれる古代のポケモン「ゲノセクト」だった。化石から復元させられた5体のゲノセクトは背中に砲台を取り付けられた。だが5体は人間への憎しみを芽生えさせプラズマ団から逃げ出してしまう。そして現在。ゲノセクト達は元々いた住処へと帰ってきたが、そこは既に変わり果てていた。そこへ人間がミュウの遺伝子を使って生み出したポケモン「ミュウツー」が現れる。ゲノセクトの声を感じてやって来たミュウツーは彼らの心を読み、自分と同じ境遇を持つゲノセクトを救おうとする。しかし、赤い体色のゲノセクトがそれを拒否すると仲間を従わせ、ミュウツーを攻撃。そのまま去ってしまう。

サッカーとバスケットボールの要素を織り交ぜた新スポーツ「ポケモン・バッカーズ」のワールドカップが開かれるクラウンシティを目指していたサトシ達は、その道中でヤルキモノの集団に追い詰められていたポケモン・ゾロアと出会う。ゾロアはテレパシーを使い、「マァを助けに行く」とサトシ達に言う。ピカチュウ達の説得もあって、サトシ達はゾロアに協力する事を決め、ゾロアと共にクラウンシティへと向かった。 しかしサトシ達がクラウンシティに着いた時、街の旧市街に繋がる橋が全て封鎖されていた。伝説のポケモンであるライコウ・エンテイ・スイクンが悪のポケモン・ゾロアークに操られて暴れているのだという。そこへ巨大企業コーダイネットワークの社長・コーダイが旧市街に立ち入らないようにとモニターで勧告を出していた。しかし、その暴れているゾロアークこそがゾロアの探していた「マァ」だったのだ。