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ニューヨークで悪事を働く犯罪組織フット団を追っていたテレビレポーターのエイプリル、ある日、強盗に入ったフット団をこらしめる何者かの姿を目撃する。数日後、エイプリルは別の現場でフット団をやっつける何者かに遭遇。撮影に成功するも、そのヒーローたちの正体は人間の言葉を話し、体長180センチもあるカメだった。
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カリスマ的な統率力を誇る猿のシーザーが、仲間を率いて人類への反乱を起こしてから10年後。遺伝子の進化、知能と言語の獲得により猿たちはさらに進化を遂げ、独自の文明を形成、森の奥に平和なコミュニティを築いていた。一方、10年前に自らが生み出したウイルスにより人類は90%が死に追いやられ、僅かな生存者グループは、荒廃した都市部の一角に身を潜め、希望なき日々を過ごしている。そんなある日、人間たちが資源を求めて森に足を踏み入れたことから、猿たちとの間に危うい緊張が走る。
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潜入捜査中に亡くなった刑事ニック。だが、生前の刑事としての活躍や経歴を見込まれて、成仏できずに現世に紛れ込んでいる悪霊たちを逮捕しては霊界に送還する組織R.I.P.D.のエージェントにスカウトされる。1800年代からエージェントを務めている大ベテランのロイとコンビを組み、次々と悪霊を捕まえていくニック。その後、二人は霊界へと通じているトンネルから悪霊たちを現世に逆流させるという陰謀が進められていることを逮捕者から聞き出す。