Hiroyuki Seshita

1981年、東京。昼は喫茶店を営み、夜は怪盗キャッツアイとして世間を騒がす美人三姉妹、瞳・泪・愛は、美術展から一枚の絵画を盗み出す。同じ頃東京に現れた、神出鬼没の大泥棒・ルパン三世。彼もまたとある武装組織を出し抜き、絵画を盗むことに成功した。両者が盗んだ絵はどちらも、画家ミケール・ハインツの描いた作品――三連作「花束と少女」の一枚。キャッツ三姉妹にとっては、父であるハインツの消息を掴むための重要な手がかり。伝説的な泥棒の“獲物”が自分たちと同じであると知った彼女たちは、その眼差しに美しい闘志を宿す――

未知の生命体・ガウナに地球を破壊され、かろうじて生き残った人類は 巨大な宇宙船「シドニア」で旅を続けていたが、100年ぶりにガウナが現れた。 再び 滅亡の危機に襲われた人類だったが、人とガウナから生み出された白羽衣つむぎや 人型戦闘兵器・衛人のエースパイロットである谷風長道の活躍により、ガウナをいったん撃退。 なんとか勝利をおさめたのだった。 あれから10年－。 シドニアの人々は、つかの間の平和を楽しんでいた。 つむぎも、今やシドニアの英雄となった長道に想いを寄せながら、 穏やかな日々を過ごしている。 だが、艦長・小林は分っていた。 ガウナがいる限り、この平穏は長く続かないことを。 そして、人類の存亡をかけ、最終決戦を決断する。 愛する人を守るため、シドニア最後の戦いがついに始まった。

ゴジラ・アース討伐に力を注いできたハルオ・サカキだったが、ゴジラを倒すために人を超えた存在になるべきと唱える異星人種族ビルサルドと、それに反対する人間たちとの対立が表面化してしまう。やがてハルオは、ビルサルドの中心的人物であるムルエル・ガルグを葬る。さらにハルオの幼なじみのユウコ・タニが、ビルサルドによる人体の強制ナノメタル化で脳死状態になってしまう。ゴジラ・アースを倒す手立てが消えたと人間たちに敗北感と虚無感が広がる中、高次元怪獣のギドラがまばゆい光を放ちながら降臨する。

ゴジラから地球を取り戻す戦いに挑むハルオと仲間たち。人類の生き残りフツアの民の助けを得て、かつて対ゴジラ兵器"メカゴジラ"を開発していた研究所へ向かう。

突如出現した怪獣たちと彼らを倒すパワーを持つゴジラを相手に戦ってきた人類だが、次第に力を失い地球を脱出しようとする。人工知能によって選別された者たちが恒星間移民船・アラトラム号でくじら座タウ星eにたどり着いたが、そこは人類が生存するには過酷な環境であることが判明する。アラトラム号に乗る青年ハルオは移住の道が閉ざされたのを機に、地球に帰還して両親を殺した敵でもあるゴジラを倒そうと決意。長距離亜空間航行で2万年の歳月が流れた地球に戻るが、地上の生態系の頂点にはゴジラが位置していた。

過去の「感染」よって、正常な機能を失い無秩序に、そして無限に増殖する巨大な階層都市。都市コントロールへのアクセス権を失った人類は、防衛システム「セーフガード」に駆除・抹殺される存在へと成り下がってしまっていた。都市の片隅でかろうじて生き延びていた「電基漁師」の村人たちも、セーフガードの脅威と慢性的な食糧不足により、絶滅寸前の危機に瀕してしまう。少女・づるは、村を救おうと食糧を求め旅に出るが、あっという間に「監視塔」に検知され、セーフガードの一群に襲われる。仲間を殺され、退路を断たれたその時現れたのは、“この世界を正常化する鍵”と言われている「ネット端末遺伝子」を求める探索者・霧亥（キリイ）であった。

佐藤が企てる計画の第2ウェーブ「浄化」によって要人が次々と殺されていき、計画は最終段階である「第3ウェーブ」に進もうとしていた。日本政府はテロリストには断固として屈しないという姿勢を貫き、水面下では警察や特殊部隊、そしてアメリカ国防省もそれぞれの動きをみせるなか、亜人の高校生・永井圭も佐藤を無力化させるための策を練るが……。

テロリスト・佐藤の呼びかけに応じて7人の亜人が集結し、佐藤は彼らに驚くべき計画を告げる。集められた亜人のひとり、中野攻は、佐藤の話に戸惑いを隠せずにいたが……。

どのように死亡しても即座に身体を再生する「亜人」の存在は、人類の夢であり、無限の利用価値を秘めていた。これまでに世界で46体、日本では2体の亜人が確認されていたが、ある日、高校生の永井圭が交通事故で死亡した直後に蘇生し、国内3例目の亜人であることが発覚。圭は、警察や亜人管理委員会、亜人にかけられた賞金を狙うすべての人間から追われる身となってしまう。

1,000年前に対話が一切できない異生物・奇居子によって太陽系が壊滅して以来、人類の一部は巨大な宇宙船シドニアで繁殖しつつ宇宙をさまよっていた。シドニアの地下で生活してきた少年の谷風長道は、衛人と呼ばれる大型兵器の訓練生となり、やがて歴史的名機・継衛の操縦士となる。あるとき、再び奇居子が出現し……。