Henry Schaub

歴史学者であり冒険家のベン・ゲイツは、テンプル騎士団の秘宝の秘密を受け継ぐ一族の末裔。祖父に、秘宝は当時のフリーメイソンらによってイギリスの手に渡らないようにアメリカ建国時に封印されたと聞かされて育ったベンは、大人になってから富豪の冒険家イアン・ハウからトレジャーハントの出資を受ける。ある時、ハントの過程で彼は海泡石のパイプを発見し、「アメリカ独立宣言書」にその秘密が隠されていることを突き止める。

1931年、大恐慌のさなかのシカゴ。アイルランド系マフィアのボス、ジョンから厚い信頼を得る腹心の幹部マイケル。ところが、それを妬ましく思うジョンの不肖の息子コナーは、マイケルの妻と次男を殺害する。長男にも危害が及ぶのを恐れるマイケルは、彼を連れて逃避行を続けながら復讐の機会をうかがう。一方、ジョンは思わぬ事態に驚くが、我が子かわいさのあまり、やむなくマイケル父子に殺し屋のマグワイアを差し向ける。

5年前、相棒のKとともに地球の危機を救ったJは、いまやMIBのエリート捜査官。日常業務を淡々とこなす平穏な毎日を送っていた。しかし、そんな彼の前に新たな敵が出現した。地球上では下着のモデルとして活躍している超セクシー宇宙人のサーリーナに、なんとMIB本部が占拠されてしまう。一人助かったJが頼れるのは、現在は引退している元相棒のKだけ。ところが、郵便局員となったKは完全に平和ボケ状態。しかもエージェント時代の記憶をきれいに消されていた。果たして、Kは記憶を取り戻し、敏腕エージェントとしてJとともに地球を救うことができるのか？