Wayne Billheimer

人類とトランスフォーマーが反目し合い、オプティマス・プライムが姿を消してしまう中、地球の存亡を左右する危機が到来。事態を収束すべく、発明家ケイド・イェーガー、オプティマスの後を継いでオートボットを率いるバンブルビー、謎多き貴族の老人、オックスフォード大学の教授によるチームが結成される。

12年9月11日、リビアの港湾都市ベンガジにあるアメリカ領事館が、イスラム過激派の武装集団に占拠された。領事館のほど近くにあるCIAの拠点アネックスは救援要請を傍受するが、アネックスの存在自体が極秘であるため手を出すことができない。アネックスに派遣されていた軍事組織GRSの6人の警備兵たちも待機命令を受けるが、領事館を取り巻く状況が緊迫していくのを見過ごすことができず、任意で救援活動に乗り出す。

元オートボット司令官センチネル・プライムとディセプティコン破壊大帝メガトロンが引き起こしたシカゴの惨劇から5年、すでにディセプティコンの大半は駆逐されたものの、オートボットとアメリカ政府の同盟も解消され、オートボット達は姿を消していた。テキサス州でしがない廃品回収業を営む発明家ケイド・イェーガーは仕事で赴いた映画館の中で眠っていたトレーラートラックを見つけ、それを自宅に持ち帰る。さっそくケイドはそのトラックを解体しようとした所、それがトランスフォーマーである事を知る。

1969年7月20日、アポロ11号は月面着陸に成功し、ニール・アームストロングとエドウィン・オルドリンは人類で初めて月に降り立ったが、全世界が見守ったこの歴史的偉業の陰で、NASAとアメリカ政府は、ある事実をひた隠しにしてきた。実は月の裏側には、彼らよりも先に未知の宇宙船が不時着していた。

パワード・スーツ受け渡しの国家命令を拒否した科学者兼経営者のトニー・スターク。ある日、トニーの前にウィップラッシュなるアイアンマンと互角のパワーを持つ敵が現れたことから、トニーは再びパワード・スーツに身を包みアイアンマンとして立ち上がる。

オートボットとの壮絶な戦いの末に敗北したディセプティコンが、新たな仲間を率い、より凶悪になって復活。ディセプティコンの新たな侵略計画は、現存するオートボットたちの総力をはるかに上回る巨大なトランスフォーマー、“デヴァステーター”やメガトロン以上に凶悪な“フォールン”を擁するものだった。

5年前、相棒のKとともに地球の危機を救ったJは、いまやMIBのエリート捜査官。日常業務を淡々とこなす平穏な毎日を送っていた。しかし、そんな彼の前に新たな敵が出現した。地球上では下着のモデルとして活躍している超セクシー宇宙人のサーリーナに、なんとMIB本部が占拠されてしまう。一人助かったJが頼れるのは、現在は引退している元相棒のKだけ。ところが、郵便局員となったKは完全に平和ボケ状態。しかもエージェント時代の記憶をきれいに消されていた。果たして、Kは記憶を取り戻し、敏腕エージェントとしてJとともに地球を救うことができるのか？

青年へと成長したアナキン・スカイウォーカーはオビ＝ワン・ケノービの指導の下、フォースの力を習得し優秀なジェダイの騎士となるべく修行に励んでいた。その頃、銀河元老院では、ドゥークー伯爵の画策により、数百もの惑星が一斉に共和国からの脱退を宣言する。これにより、ジェダイだけでは銀河を統治できないと判断した元老院では、クローン軍隊の是非を問う重要な投票が行われようとしていた。この会議に出席するため惑星コルサントに向かっていたナブーの元女王アミダラは、途中で何者かに命を狙われる。オビ＝ワンとアナキンはこの事件の調査のためナブーへと派遣されるのだったが…。