Yoshitaka Koyama

リュウがサガットを打ち破ってから数年後。犯罪シンジケートシャドルーの魔の手が世界中に及び、各地でテロ活動などが相次いでいた。事態を重く見たインターポールはアメリカ空軍と協力し、シャドルーの壊滅作戦へと動き出す。一方、シャドルーの総帥たるベガは優れた格闘能力を持つ素体を見つける為にスパイロボットを各地へ配置していた。

地球暦2005年。セイバートロン星はデストロンの占領下にあった。そしてサイバトロンは、セイバートロン星にある2つの月に設けたムーンベース、そして地球のサイバトロンシティを拠点とし、故郷奪還の悲願に燃えていた。 度重なる激戦の末にサイバトロンは多くの仲間と、そして総司令官であるコンボイまでを失うこととなった。そして、サイバトロンのリーダーが代々受け継ぐ叡智の結晶「マトリクス」はコンボイの身を離れ、新たにリーダーとなる人物を待つことになる。 一方、セイバートロン星で伝説として伝わる超巨大トランスフォーマー「ユニクロン」が宇宙の彼方より現れ、セイバートロン星に迫りつつあった。ユニクロンはマトリクスが自らの脅威と自覚し、スタースクリームの裏切りで宇宙空間に放逐されたメガトロンをガルバトロンとして再生強化し、マトリクスの破壊を命じる。 新生デストロン、そしてユニクロン。果たしてサイバトロンは母星を、マトリクスを守りきれるのか。