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Bison, o lider da organização criminosa Shadaloo quer conquistar o mundo. Assim ele manda seus capangas atrás de lutadores que possam servi-lo como escravos. Bison captura o grande lutador americano Ken Masters, onde Bison faz uma lavagem cerebral em Ken, obrigando-o a ser seu servo, enfrentando até mesmo seu amigo Ryu, um dos maiores artistas marciais do planeta.
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Em pleno ano 2005, os Autobots e os Decepticons ainda estão em guerra, mas uma mortífera nova força está prestes a ameaçá-los. O gigantesco planeta assassino Unicron se aproxima cada vez mais da Terra e pretende destruí-la. Com isso, os heróicos Autobots resolvem lutar por sua própria sobrevivência e enfrentar a mais nova ameaça ao planeta.