Shinsuke Yanagi

Kuramoto Erica, Nitta Yui, Suzuhara Misa and Sasaki Kotone are not your average school girls. They are in fact blessed with supernatural powers, which they use to defend the common people from alien creatures.

イノベイドの力による支配で地球人類を導こうとしたリボンズ・アルマークとソレスタルビーイング（CB）の死闘は、真のイノベイターへの覚醒を遂げて人間同士の相互理解への道を示した、刹那・F・セイエイの勝利によって幕を閉じた。情報操作によって悪行を隠蔽し続けていた独立治安維持部隊アロウズは解体され、世界は再編成された地球連邦平和維持軍（連邦軍）の下で、ようやく真の平和へ向けて歩み始めたのだった。 それから2年後の西暦2314年。表舞台から姿を消したCBの刹那やロックオン・ストラトス達は戦争の抑止力となるべく、密かに活動を続けていた。しかし、新たな戦争の火種が迫りつつあった。発端は、130年前に廃船となったはずの木星探査船「エウロパ」の地球圏への漂着。エウロパには一切の生体反応が無かったが、地球への突入を防ぐために連邦軍のイノベイターであるデカルト・シャーマン大尉の手で破壊された。しかし、この一件以降、無人の乗り物の暴走、イノベイターへ覚醒しつつある人々への脳量子波の干渉、人体へ寄生する謎の金属生命体の発見などの怪事件が頻発し始めた。 新たな戦いを予期したCBは、謎の金属生命体の調査を開始する。

盗賊団「ファントムトループ」を率いる悪名高い海賊「ファントム」は、ある日海底で1つのタマゴを手に入れるが、忍び込んでいたポケモンレンジャーの「ジャック・ウォーカー」（ジャッキー）により奪われる。 一方、サトシ一行は旅の途中でポケモンと心を通わすことができるという今では数少ない水の民の一族の末裔、ヒロミとその家族によるマリーナ一座に出会う。たまたま一座と旅を共にすることになったサトシ一行だが、旅の途中ハルカは偶然にも不思議に光るマナフィの卵を発見する。 実はマナフィの卵をファントム一味から守る

ある日、宇宙から隕石が飛来し氷原に激突した。隕石の元へ駆けつけた観測隊のロンド博士たちが見たのは、DNAポケモン「デオキシス」だった。そこへさらにデオキシスを追って「レックウザ」が襲来。激しい戦いの末にデオキシスは敗れ、レックウザも天空へと帰ってゆく。その戦いのさなか、ロンド博士の息子であるトオイは戦いから逃げようとしたポケモンの群れの移動に巻き込まれ、それがトラウマとなりポケモンに触れなくなる。 それから4年後。ハイテク都市ラルースシティに到着したサトシ一行は、ひょんなことからトオイと出会う。トオイのトラウマを克服させようとするサトシだったが、ラルースシティにデオキシスが出現し、レックウザもまたデオキシスを追ってくる。

Arale and company arrive at a nice location for a picnic. They soon discover a beautiful stone with strange powers. Before they know it, a dangerous pirate and his mysterious ship invades their peace and steals the stone. Now it is up to them to retrieve the stone before it is used by evil hands.