Kuramoto Erica, Nitta Yui, Suzuhara Misa and Sasaki Kotone are not your average school girls. They are in fact blessed with supernatural powers, which they use to defend the common people from alien creatures.
지구연방 신정부의 유화정책에 의해 점차 평화를 되찾아가는 세계. 거기에 CB의 모습은 보이지 않았다. 목성에서 돌연 나타나 지구를 향하는 지구 외 변이성 금속체 ELS의 대군, 그리고 아직 외계 종족과의 대화의 준비를 갖추지 못한 인류. 대화에 앞서 생존을 위해, 그리고 어쩌면 가능할지도 모르는 대화를 위해 CB와 건담 마이스터들은 다시금 싸움터로 향한다.
사막에서 길을 헤매던 지우와 포켓몬 일행은 '포켓몬 레인저 잭 워커(일명 잭)'을 만난다. 잭은 수중 몬스터 '마나피'의 알을 아크셔 신전까지 안전하게 배달하는 미션을 맡았다. 지우 일행은 잭과 함께 하기로 하지만 '마나피'의 알을 노린 바다의 해적인 '팬텀 톨프'의 공격을 받는다. 팬텀 톨프는 전설의 보물인 '바다의 왕관'의 힘으로써 세계정복을 이루려는 야심가! 과연 지우와 포켓몬 레인저 일행은 이 어려운 상황에서 바다의 왕자 마나피를 보호하고, 보물 '바다의 왕관'을 찾을 수 있을 것인가?
대빙원에 있던 과학자 「론도 박사」와 그의 아들 「하늘」. 그곳에 돌연 폭음과 함께 운석이 떨어진다. 주위를 감싸는 수증기. 그 안에서는 환상의 포켓몬 「테오키스」가 나타난다. 그곳에 천공포켓몬 「레쿠쟈」가 모습을 드러내며 격렬한 싸움이 시작된다. 그로부터 4년 후, 「랄스시티」에 도착한 지우 일행은 배틀타워에서 포켓몬 시합을 통해 이 마을에 사는 소년 하늘이와 만난다. 하늘이는 서서히 지우 일행에게 마음을 열고 포켓몬들과도 사이가 좋아지고 있었다. 그러던 중, 돌연 테오키스가 랄스시티에 나타난다. 테오키스의 목적은? 드디어 마을의 모든 기능이 정지되고 지우 일행은 마을에서 벗어나지 못하게 된다.
Arale and company arrive at a nice location for a picnic. They soon discover a beautiful stone with strange powers. Before they know it, a dangerous pirate and his mysterious ship invades their peace and steals the stone. Now it is up to them to retrieve the stone before it is used by evil hands.
