Red Yoshida

旅を続けるサトシ一行の前に、見たこともない小さなポケモンが現れる。それはかんしゃポケモンのシェイミであった。グラシデアの花畑に行く途中迷子になったようで、自分を花畑に連れて行くようサトシ達に頼む。しかし、突如シェイミが鏡の中に引き込まれ、同時にサトシとヒカリも引き込まれる。その先には、見たこともない不思議な世界が広がっていた。2人は、そこでこの世界を研究している"ムゲン"という科学者と出会う。 彼によれば、そこは"反転世界"と呼ばれる別の世界で、現実世界とちょうど裏表のように存在する世界なのだという。さらに、その2つの世界を自由に行き来できるポケモン・"ギラティナ"が棲む世界であることを教えられる。 ムゲンの手助けもあり、何とか現実世界に戻ることができたサトシ達。しかし、そこへシェイミを狙って謎の青年・"ゼロ"が襲いかかる。

ぶっさんの死から３年後。遺された木更津キャッツの４人は別々の道を歩き始めた。バンビは木更津にとどまり市役所に就職し、ある日、空からぶっさんの声を聞く。一方、アニとマスターはケンカ別れしており、マスターは大阪に「野球狂の詩２号店」を開店し、アニは秋葉原をぶらついていた。２人を訪問したバンビは、ぶっさんと話したことを告げ、３人は木更津に舞い戻ることになる。その頃、うっちーは美人教官・杉本文子に一目惚れして自衛隊に入隊したが、鬼教官の彼女の殴る蹴るの強烈なしごきに耐えかね、駐屯地を脱走する。

地元の草野球チーム「ピーナッツ」で“伝説のサード”と呼ばれた秋吉（内村光良）が帰郷する。かつての最強チームも今やメンバーが9人にも満たない上、商店街は再開発に揺れ思い出の球場も消えようとしていた。そんなチームを秋吉は復活させるが……。