Dena Akehara

2117年。公安局の執行官・須郷は、外務省から出向中の花城に、計画中という準軍事組織への参加を打診される。そんな中、彼は自らの軍人時代を思い出していた。2112年夏、沖縄。須郷は国防軍のエースパイロットとして、ある極秘作戦に加わっていた。それから3カ月後。国防省を武装ドローンが襲う事件が発生、身に覚えのない須郷も容疑者のひとりにされてしまう。彼は事件担当の執行官・征陸に協力して真相を追う。

郊外の町に暮らすちょっと大人びた小学4年生アオヤマ君。その日一日、発見したことをノートに記録し、気になったことは徹底的に研究する彼は、気さくで胸が大きくてミステリアスな歯科医院の“お姉さん”の研究を続けていた。そんなある日、町にペンギンが次々と現われ、どこかへと消える奇妙な事件が起きる。この謎について調査を開始したアオヤマ君は、“お姉さん”が投げたコーラの缶がペンギンに変わる様子を目撃する。

高校入試で全教科満点をとった秀才の佐条利人、ライブ活動をして女子にも人気のバンドマン草壁光。およそ交わらないであろう二人の男の子。そんな「ジャンルが違う」彼らは、合唱祭の練習をきっかけに話すようになる。放課後の教室で、佐条に歌を教える草壁。音を感じ、声を聴き、ハーモニーを奏でるうちに、二人の心は響き合っていった。ゆるやかに高まり、ふとした瞬間にはじける恋の感情。お調子者だけどピュアで、まっすぐに思いを語る草壁光と、はねつけながらも少しずつ心を開いてゆく佐条利人。互いのこともよく知らず、おそらく自分のこともまだ分からない。そんな青いときのなかで、もがき、惑いつつも寄り添い合う二人。やがて将来や進学を考える時期が訪れ、前に進もうとする彼らが見つけた思いとは…。

聖ミカエル騎士団の総帥シン・ヒュウガ・シャイングのギアスが暴走する中、wZEROのパイロット・日向アキトは兄との戦いを決意する。成瀬ユキヤの活躍によりユーロ・ブリタニア軍は3分の1に激減。しかし、本拠地ヴァイスボルフ城を包囲され、戦況は不利な状態のまま。そんな状況で、敵のアシュレイ・アシュラが新たな仲間に加わる。アキトは最後の戦いを前に、切った髪をレイラ・マルカルに渡す。

ユーロピア共和国連合の特殊部隊“wZERO”のパイロットである日向アキトらは、「方舟の船団」によるテロが敵であるユーロ・ブリタニアの計略だと気付く。アキトたちはユーロ・ブリタニアの本拠・大型飛行艇ガリア・グランデを攻撃、激しい戦闘を繰り広げる。そんな中、司令官レイラ・マルカルがいるwZERO部隊の拠点・ヴァイスボルフ城をユーロ・ブリタニアが襲撃。さらに首都パリでは、ジィーン・スマイラス将軍によるクーデターが決起され……。

任務を遂行して帰還するアギトたちワイバァン隊だったが、ある者の策略でID登録を抹消されたために駐屯地に入ることができなくなってしまう。当てもなくさまよう彼らは、旅の生活を続けている老婆の集団と過ごすことになる。つかの間の休息を取りながら、アキトやレイラらは、お互いの過去や素性について知っていくように。一方、ユーロ・ブリタニアに謎多き軍師ジュリアス・キングスレイが着任。シン・ヒュウガ・シャイングは、対ユーロピア戦線を指揮する彼の姿を静観しつつ、自身の野望を達成すべく動き始めようとしていた。

天空闘技場で開催されるフロアマスターによる戦い「バトルオリンピア」。その大会にズシが参加することでウィングに招待されたゴンとキルアは、ゲスト来場していたネテロ会長と再会を果たす。しかし大会開催直前、謎の秘密組織「影（かげ）」に天空闘技場を占拠され、不意をつかれたネテロ会長は「怨」によって念を封じられてしまう。 会長の救出に向かうゴンとキルアだが、「影」のメンバーや彼らによって怨能力を与えられたフロアマスターたちが立ち塞がる。果たしてゴンたちは「影」を打ち破り、ネテロ会長を救出できるのか。そして、「影」を率いる隊長・ジェドとネテロ会長との因縁とは…。

激化の一途をたどる、ユーロ・ブリタニアとユーロピア共和国連合の戦争。劣勢を強いられているユーロピア共和国連合軍は、ユーロ・ブリタニアの日本占領で国を失った少年少女を集めた特殊部隊wZEROに、陽動を目的とした敵中降下命令を下す。しかし、部隊のメンバーは隊長のレイラや日向アキトを筆頭に、5人しか残されていなかった。そのころ、ユーロ・ブリタニアではギアスという謎めいた力を用いて恩人を自死に向かわせたシンが、聖ミカエル騎士団の総帥となる。さらに、彼と配下のアシュラ隊に出動せよという指令が……。

皇暦2017年。日本ではルルーシュが大国ブリタニア帝国への反抗を繰り広げているころ、ヨーロッパ連合国E.U.もまたブリタニアの侵攻に圧倒されていた。そこでE.U.軍は特殊部隊「W-0」を編成。中でも元ブリタニアの貴族の少女レイラ・マルカルを司令官にパイロットの日向アキトら日本人の少年少女たちから成るナイトメア部隊は、生還の可能性の低い戦いに送り込まれる。