Michael Musteric

2029年、この25年間で新たなミュータントは生まれておらず、彼らの存在は絶滅の危機に瀕している。かつて「ウルヴァリン」の名で知られていたローガンことジェームズ・ハウレットはテキサス州で運転手として働き、メキシコ国境の向かい側に位置する放棄された製錬工場でキャリバンやチャールズ・エグゼビアと共に暮らしていた。ある日、ローガンはガブリエラ・ロペスから、ローラという名の11歳の少女をノースダコタ州にある「エデン」まで送り届けて欲しいという依頼を受ける。

ニューヨークに住むフィルとクレアのフォスター夫妻は平凡な生活を送る退屈なカップル。2人はいつものように週末のディナーを楽しもうとマンハッタンのビストロに行くが、店で予約の名前をごまかして席に着いたことから2人組の男たちから追われる羽目に…。

西暦2154年。人類は惑星ポリフェマスの最大衛星パンドラに鉱物採掘基地を開いている。この星は熱帯雨林のような未開のジャングル覆われていて獰猛な動物と”ナヴィ”という先住種族が暮らしており、森の奥には地球のエネルギー問題解決の鍵となる希少鉱物の鉱床がある。この星の大気は人間に適さないので屋外活動にはマスクを着用する必要があり、ナヴィと意思疎通し交渉するために人間とナヴィの遺伝子を組み合わせて人間が作りあげた”アバター”が用いられた。

5年前、相棒のKとともに地球の危機を救ったJは、いまやMIBのエリート捜査官。日常業務を淡々とこなす平穏な毎日を送っていた。しかし、そんな彼の前に新たな敵が出現した。地球上では下着のモデルとして活躍している超セクシー宇宙人のサーリーナに、なんとMIB本部が占拠されてしまう。一人助かったJが頼れるのは、現在は引退している元相棒のKだけ。ところが、郵便局員となったKは完全に平和ボケ状態。しかもエージェント時代の記憶をきれいに消されていた。果たして、Kは記憶を取り戻し、敏腕エージェントとしてJとともに地球を救うことができるのか？