Martin L'Heureux

クリスマスイブの夜。サンタの存在など信じないと思い始めた少年だが、ベッドの中でトナカイの鈴の音が聞こえないかと耳をすます。真夜中近く、鈴の代わりに汽車の走る音が聞こえてくる。驚いた少年が窓を見ると、家の前に大きな蒸気機関車が走り込んでくる。玄関を飛び出した少年に、車掌はそれが北極行きの急行“ポーラー・エクスプレス”だと告げ、乗らないかと誘う。戸惑う少年だが、やがて動き始めた列車につい飛び乗る。

5年前、相棒のKとともに地球の危機を救ったJは、いまやMIBのエリート捜査官。日常業務を淡々とこなす平穏な毎日を送っていた。しかし、そんな彼の前に新たな敵が出現した。地球上では下着のモデルとして活躍している超セクシー宇宙人のサーリーナに、なんとMIB本部が占拠されてしまう。一人助かったJが頼れるのは、現在は引退している元相棒のKだけ。ところが、郵便局員となったKは完全に平和ボケ状態。しかもエージェント時代の記憶をきれいに消されていた。果たして、Kは記憶を取り戻し、敏腕エージェントとしてJとともに地球を救うことができるのか？